但戰況馬上就開始向著意想不到的方向發展了。
在南軍封鎖攝津方向的官道后不久，京都以南的大和官道、以東的近江官道和以北的若狹官道接二連三地被徹底封鎖，一切往來都被切斷，隨之斷絕的還有京都的糧草供應。京都人口眾多，自古以來就從未實現糧草的自給自足，更別提經歷了多年戰亂的現在了。
京都的百姓們很快就發現，往日里來來往往向京都的集市里運糧的糧商們都不見了蹤影，頓時陷入了恐慌之中，紛紛開始搶囤糧食。而各大米行的糧食存糧，也很快見了底。天文十四年5月10日，整個京都的市場上就已經買不到一粒米了。
北軍也曾嘗試過重新打通攝津到京都的官道，可是向那個方向進軍，必須要從東寺和隨林寺里的甲駿聯軍的眼皮子底下通過。只有先壓制住這兩軍，才有可能抵達官道沿線。問題是，北軍的兵力本就不及南軍，在他們做出向西南進軍的動作后，南軍立刻發動全線攻擊，迫使北軍主力回防。最終北軍能動用的進攻部隊也是屈指可數，根本沒辦法擊敗已經在官道上修了小半個月的防御工事的六角軍和若狹武田軍。
所幸，京都還保留著最后一條與外界溝通的通道——向西通往丹波的道路。三好長慶緊急安排丹波的波多野家向京都運糧，而讓攝津的三好家留守將攝津的存糧再向北運往丹波。一來一去，就是兩條難走的山路，運輸效率也難有保障。如果北軍不進行軍事行動，這些運來的糧食倒是能覆蓋全部的軍糧開支。可一旦南軍主動挑起戰斗，迫使北軍的士兵不斷消耗體力，也不斷增加飯量——那隨即帶來的糧食用度就會超過補給能力所需。
而太原雪齋也顯然發現了這一點。在注意到北軍偃旗息鼓，沒有主動打通交通線，反而開始固守后，他就判斷出了北軍想要借此減少糧草消耗。于是在他的授意下，南軍各部開始輪流襲擾，不求取得多大的突破，也要讓北軍的士卒每天都要疲于應對。每天坐著不動，倒是還能用稀粥來對付伙食。可如果士卒們都披甲上陣了，不來點干飯可就說不過去了吧？這個時候還克扣伙食，那就得等著嘩變了。
更為恐怖的是，即使再怎么節衣縮食，到天文十四年6月之際，京都百姓們家中的存糧也瀕臨殆盡了，興起了大規模的逃荒潮。然而，洶涌的逃荒浪潮卻被南軍設置的關卡全部阻擋。但凡有百姓想強行出逃，就會被亂搶捅回去——外鄉來的士卒可不會給京都人什么好臉色。無奈之下，百姓們試圖行賄收買士卒們——但這也是被南軍高層明令禁止的。士卒們錢倒是收了，可沒有幾個人真的敢給百姓放行，只是偶爾趁著輪班之際，才會從小道放走數人。
絕望的百姓們開始嘗試翻山越嶺走野路逃走，可一旦遇到南軍的巡邏馬隊和忍者小隊，就會被將身上的盤纏行李劫掠一空，隨后重新驅趕回京都。數天的掙扎后，絕大多數的逃亡百姓不得不灰溜溜地離開關卡，全部涌向了還正常開放的丹波-京都官道。但這條狹窄崎嶇的官道肩負著供給北軍糧草所需的任務，根本沒有多余的通行量去分給逃亡的百姓。于是，北軍也做出了同樣的選擇——將官道對百姓封閉，只允許運糧隊進來，不允許百姓出去。
這些饑腸轆轆的百姓，眼睜睜地看著一車一車的糧食在自己眼皮子底下運入京都，供外鄉士兵食用，而自己卻只能在封閉的官道旁等著餓死。即使是再溫順懦弱的草民，到了這種地步，也會爆發出可怕的能量。
先是有人不顧鞭打驅逐，嘗試撿起散落在地上的糧食。隨后，偷竊糧食的行為開始頻發。最后，直接演變成了百姓一揆，大肆攻擊運輸隊和守衛的北軍士兵，只為了搶奪一口活命的糧食……
不費一兵一卒，北軍已經幾乎被逼至絕境。</p>