朱由檢同樣也在思索這個問題，并且一直在追查：
“叛亂是誰發起的？”
“幕后都有什么人？”
錦衣衛掌印、提督北司房情報中心的鄭士毅道：
“臣在收到消息后一直在調查。”
“但是至今為止，尚未發現幕后之人。”
“明面上掀起叛亂的，就是那幾個受打擊的民間宗教，以及去年被打擊的盜匪。”
朱由檢“唔”了一聲，說道：
“你也說是明面上，這件事背后一定有人。”
“否則他們不可能聚起來，也不可能鬧出這么大動靜。”
又向提督東廠的秉筆太監王永祚道：
“你把東廠調查出來的情況，向鄭掌印說一遍。”
“讓他知道錦衣衛在這次叛亂中，都有什么疏漏。”
王永祚負責的東廠，本就有監督錦衣衛的責任。
甚至可以說以前的東廠，事實是錦衣衛的上級。
此次好不容易拿到錦衣衛的把柄，王永祚忍著歡喜道：
“東廠已經確定，錦衣衛得到的消息，是被人故意放出的。”
“有人借錦衣衛提醒皇爺，預防他們叛亂。”
鄭士毅聞言大吃一驚，因為錦衣衛沒查出這件事情。
他們在收到消息后，忙不迭地送進皇宮，再想去查消息從哪里出來時，根本找不到蹤跡。
沒想到東廠一直盯著他們，竟然查到了消息的來源。而且已經確定，是有人故意放出。
這讓他不得不請罪，跪地道：
“臣有罪！”
“應當早些調查消息來源，防備敵人奸計。”
朱由檢神色稍緩，說道：
“錦衣衛能把消息及時傳過來，這次是立了功的。”
“些許疏漏的地方，以后補救就是。”
“像這種危急的情況，情報的重要性、準確性最關鍵。”
“不能因為一點小問題，就不敢把消息報上來。”
“對上報消息的人員仍要記功，不要苛責他們。”
定下這個原則，朱由檢繼續又問王永祚道：
“東廠是否查出，是誰把消息放出的。”
“這起所謂的叛亂，都和誰有關連？”
王永祚斟酌了一下，說道：
“放出消息的人，似和勛貴有關，曾經和陽武侯等勛貴府上有關聯。”
“但是叛亂是否和勛貴有關，那就無法確定了。”
“臣現在探知的消息是，和一些宗教與大戶有關聯。”
朱由檢聞言沉思，沒想到這件事還和勛貴有關。
之前他在知道叛亂和民間宗教有關后，就推測可能是一些宗教掀起來的。
佛道二教都可能參與其中，借這些宗教的力量示威。
不滿有產稅的大戶，也可能給他們提供便利。