結果發現，北軍的陣地早已是人去樓空。剩下的斷后部隊和忍者們見空城計暴露后，也是飛快地撤離了。北軍的主力早已趁著夜色，退出了一線。軍情隨著傳令兵的奔馳而傳遍整個京都戰場，直呼中計的南軍各部紛紛出擊，想要瓜分北軍留下的輜重——如果運氣好能追上一批輔兵隊的話，說不定還能再增加不少繳獲。
一馬當先的，就正是駐扎在瀧尾神社的織田軍。織田信長根本沒有通知神社內的朝倉家和淺井家，甚至在細川晴元接觸免戰令之前就已經從側門繞除了瀧尾神社，一路向三十三間堂狂奔而去。在發現三十三間堂無人后，又立刻翻過七條大橋，徑直向北邊的皇宮和二條城殺去，將其余的友軍全部甩在了身后。
而這時，武田晴信反而不急了。他開始擔心起北軍誘敵詐敗的可能性——會不會北軍就是想假裝退卻，實則把南軍引入京都北部殲滅呢？不過一口氣放棄了這么多修筑多月的堅固陣地，犧牲不可謂不大。想讓各懷鬼胎的聯軍整體執行這樣困難的計劃，三好長慶怕是也沒有這樣的本事吧？如果只是三好家自己的部隊，倒是不排除反擊的可能。
能夠說服各家大名放棄自家安全的陣地，除了真的撤退外——三好長慶又能拿出什么理由呢？冒著部隊在撤退中崩潰的危險，忍受和南軍決戰的巨大傷亡，就為了給他三好家博一個前程？
當然，心里這么想著，實際上武田晴信的行動還是非常謹慎的。一直到織田軍的旗號出現在新善光寺后，武田晴信才率軍從長福寺開始北上，打算把織田軍當成自己的探路斥候。而在武田軍身后，今川軍也從東寺的難民棚外繞了出來，跟著武田軍一起向北面的法光寺挺進。
天文十四年6月22日午時初刻，織田軍又占領了平等寺。午時三刻，善長寺也被織田軍拿下。午時五刻，織田信長進駐本能寺，仍然沒有發現北軍的伏兵——至此，武田晴信等南軍大名徹底放心了，紛紛開足馬力向二條城挺進——皇宮估計是搶不過織田信長了。就連遠在攝津官道出的六角軍和若狹武田軍也已經聞訊趕來，一路追到了大泉寺外。京都的大街小巷上，隨處可見北軍撤離時遺留的物資。
天文十四年6月22日午時七刻，織田軍占領皇宮，第一時間確保了皇室和公卿的安全。幾乎是同時，織田信長自己帶著一小隊馬廻眾徑直奔向二條城，搶在武田軍等南軍各部之前，再次第一個沖入二條城，將織田家的馬印插在了二條城上，盡攬此役風光。
然而，就在織田信長準備將織田木瓜旗順便往二條城天守閣上也插一面時，尷尬的事情卻發生了。
“什么？三好家把公方殿……額不，偽公方留在了二條城？”
得知了這一消息的細川晴元在親信們的簇擁下緊趕慢趕，終于在天文十四年6月22日未時四刻來到了二條城。除了在周圍警戒的部隊外，大多數南軍大名的軍隊此刻都駐扎在二條城、皇宮周圍。而南軍的大名們，則悉數來到了二條城天守閣內的評定室里，等待細川晴元的到來。在評定室的主位上，坐著的正是已故的足利幕府第12代征夷大將軍足利義晴的嫡長子——年方十歲的足利義藤。