“我們此役是搶攻，只帶了少量兵糧，就是想試試看能不能再長尾家趕到之前，打北軍一個出其不意。既然沒能成功，那就只能從長計議。先把補給線鋪設過來，疏通好糧道后，再向京都深處推進。”武田晴信也為自己的指揮方針辯護道“十萬人級別的對決，不要想著畢其功于一役，除非有一方出現離譜的失誤，否則是很難在一天里分出勝負的。做好長久拉鋸戰的準備吧。”
天文十四年年4月7日，京都。
經過后勤調整后，南軍將補給線順利地從槙島城延伸到了京都南段。以伏見稻荷大社為糧倉，大規模地囤積來自于南北近江和大和國的糧食。也以伏見稻荷大社為本陣，開始發動對京都的攻略。
南軍變陣后，北軍也改變了戰略隨林寺長福寺瀧尾神社智積院一線，準備充分利用京都的每一寸土地，和南軍展開拉鋸。在第一次京都合戰中消耗較大的大友軍、大內軍、尼子軍、三村軍、一色軍和毛利軍被替換到了二線，這次駐扎到一線的則是上次被部署在后方擔任反擊預備隊的生力軍們隨林寺的長尾軍、長福寺的赤松軍和浦上軍、瀧尾神社的山名軍和河野軍、智積院的游佐軍和波多野軍。
與之相對，南軍同樣讓先前損耗較大的部隊留作二線，選擇讓“靜坐”了大半天的部隊們率先發起攻勢。其中，齋藤軍、織田軍、北條軍經由東山橋進攻長福寺、隨林寺；朝倉軍、淺井軍進攻瀧尾神社；六角軍、若狹武田軍進攻智積院。
可戰斗開始的第一天，戰況就不容樂觀。
與第一次京都合戰不同，這一次北軍的抵抗意志要更加堅決。之前能輕易占據的瀧尾神社和智積院，這次卻遭遇了激烈的反抗。朝倉軍也是南軍勁旅，可耗時大半天，仍然只是奪下了瀧尾神社的一半建筑，不過總算是壓制住了山名軍、河野軍。朝倉宗滴本想指示淺井軍迂回到側面進攻，可淺井軍的戰力實在不敢恭維，迂回行動也被輕易地挫敗了。
而在另一邊的智積院，面對游佐軍和波多野軍，六角軍和若狹武田軍卻幾乎毫無建樹。六角定賴的軍略造詣雖然遠在游佐長教和波多野晴通之上，可六角軍已不再是當年那支能征慣戰的勁旅，更別提若狹武田軍這種魚腩。與之相比，游佐軍和波多野軍近年卻一直過著刀頭舔血的日子，士氣高昂，死守不退之下令六角軍和若狹武田軍沒有辦法。猛攻到下午，仍然難以突破智積院的陣地。
但比起西行進攻東山橋的織田軍、齋藤軍和北條軍，鴨川東岸的南軍已經算好的了。赤松軍和浦上軍的戰斗力雖然不行，很快就被南軍奪下了東山橋的控制權。然而作為先鋒的北條軍連腳還沒站穩，不幸就已經發生了。
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