不僅如此，嚴復之被特高課放到特工總部石頭城分部后，特工總部石頭城分部內部的內斗不斷，還導致了前任主任何浪濤被去職，灰溜溜地離開了石頭城。而新繼任的主任左天明更是連命都丟了。
雖然左天明的被殺讓藤田由紀夫一度認為是袁世恒的報復行為，但是由于嚴復之當時是袁世恒的唯一聯絡人，嚴復之在左天明之死的過程中是不是起了作用？又起了什么作用？這一切都非常可疑！
左天明的死最終導致了嚴復之終于獨攬特工總部石頭城分部的大權，雖然這一切都是藤田由紀夫做出的決定，但藤田由紀夫現在認為自己都有可能被嚴復之這個人給算計和利用了！
因此藤田由紀夫思考了半天，終于得出了一個結論，按照邏輯推理來說，嚴復之身上確實是有很多疑點，再加上今天尹群立的舉報和那個陳世祖的證詞，以及被意外發現的軍統方面給嚴復之的委任狀，所有的人證和物證都指向了嚴復之！
于是藤田由紀夫將兩份筆錄放下，向田中太郎和村上信之助兩個手下問道：“看來嚴復之的確有極大的可能是軍統故意使用計謀打入我們這邊的潛伏人員，那么我們應該怎么辦？你們兩位都說說你們的建議吧。”
田中太郎見藤田由紀夫也和自己一樣認定了嚴復之是軍統派遣的潛伏特工，于是立即毫不猶豫地回答道：“大佐閣下，這有什么難辦的？我們應該立即將嚴復之抓起來然后處決！”
對于田中太郎的這個回答并不滿意的藤田由紀夫又看向了村上信之助，問道：“村上君，你的意見呢？”
其實對于自己的這兩個手下，藤田由紀夫更加看好村上信之助，因為田中太郎雖然因為以前的功績而比村上信之助的軍銜高一級，但是田中太郎的弱點也很明顯，他只是在審訊方面有長處，但是對于特務的本質能力上，田中太郎與村上信之助還是有著不小的差距。
所以藤田由紀夫在這兩個人當中更看好村上信之助以后的發展前途，所以他經常會在具體的事務中對村上信之助進行點撥，好幫助村上信之助更快地成長起來。因此藤田由紀夫也更加看重村上信之助提出的建議。
而村上信之助則回答道：“田中君所說的抓捕嚴復之并且處決嚴復之，我是贊同的。但是這其實只是一件小事，嚴復之就在石頭城里，我們要殺他易如反掌。關鍵的問題在于我們這么做了以后，該如何整肅特工總部石頭城分部？殺掉嚴復之以后，會不會讓那些前軍統石頭城站的投降人員感到恐懼？會不會讓這些人對于我們大日本帝國不再那么忠誠而產生再次背叛大日本帝國的心理？這些都是我們現在要進行思考的。”
藤田由紀夫很滿意地點了點頭，贊同道：“村上君思考問題很細致也很全面，他提出的問題是我們現在就必須要考慮的。不管我們承不承認，支那太大了，而我們的人手嚴重不足，再加上東南亞和印度支那戰場的開辟使得我們大日本帝國的精力和人手問題更是雪上加霜。所以像類似于特工總部石頭城分部這樣的機構對于維護我們對支那占領區的統治是很重要的，而且在有的時候，使用支那人來對付那些支那反日分子和組織會比我們直接出面作用和效果都要好。因此特工總部石頭城分部這個機構我們不能棄之不用。可如何使用好這個機構，并且保證這個機構對于我們大日本帝國的忠誠是一個需要我們重視的問題。村上君既然提出了這些問題，說明他很有遠見，看到了這中間的問題所在，那么村上君是不是在心里已經有了某種應對之策呢？”
村上信之助見藤田由紀夫詢問自己，他以為藤田由紀夫心中可能已經有了這個問題的答案，只不過是想要對自己進行考校，于是回答道：“大佐閣下，屬下認為像特工總部石頭城分部這樣的機構既然重要，那就應該讓我們大日本帝國的軍官直接管理，或者是尋找一個對于我們大日本帝國忠誠度毫無問題的支那人來管理才對。”</p>