明軍主帥楊鎬兵敗之后立即引咎辭職，后被拘押，崇禎二年（1629年）被處決。杜松與劉綎已死于戰場，馬林也于3個月后在開原戰死，明軍四路主將四人已失其三，僅有李如柏始終未遇敵，但在戰役之后數日即為言官彈劾。一年半后遼事更壞，此事再被提及，李如柏自殺以明志。
薩爾滸戰役除李如柏軍撤走未遭慘重損失，明軍共損失兵力約余人，戰死將領300余人，喪失騾馬余匹，損失槍炮火銃余支，元氣大傷，后金軍的勝利，不但使其政權更趨穩固，而且從此奪取了遼東戰場的主動權。因為戰爭的原因，造成巨大的軍事開支使得明朝不斷加重賦稅，激化了國內的矛盾，導致明朝遭遇內憂外患的襲擊，兩面作戰。
薩爾滸戰后，遼東的形勢更加危機，這時徐光啟提出了重點防守的戰略。他說：“今日之計，獨有厚集兵勢，固守遼陽，次則保全海、蓋四州為上策，但須多儲守之器，精講守之法。中間惟火器最急，若得大小足備，兵將練習，寇至之日，乘城抵敵，殲其二三陣，必嚙指退矣。”在“人非其人，器非其器，且無將無馬”的形勢下，他認為“歸并合力不足為怯，嬰城自守不足不弱”。他就是要集中兵力防守遼陽等城鎮。因為在他看來，遼東是京師的左臂，如果不守遼東，敵人一天天強大，山海關以南處處設防，要比守遼東費十倍之力。[5]
而明軍自遭此慘敗，開始陷入被動，到天啟年間，遼陽、沈陽、廣寧等重鎮相繼失守，明朝退守遼西，完全陷入被動，局勢萬分危急。明朝方面自此由進攻轉為防御，后金方面由防御轉為進攻。明朝最后失去大部份遼東領土，山海關以外僅余少部份土地如錦州、寧遠、杏山、塔山等地。
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“皇上你看,孫子兵法講的是：
其一：故形人而我無形，則我專而敵分。我專為一，敵分為十，是以十攻其一也。則我眾敵寡，能以眾擊寡者，則吾之所與戰者約矣。吾所與戰之地不可知，不可知則敵所備者多，敵所備者多，則吾所與戰者寡矣。故備前則后寡，備后則前寡，備左則右寡，備右則左寡，無所不備，則無所不寡。寡者，備人者也;眾者，使人備己者也。”
“而明軍卻把五十萬的兵力分成四路，我大清則是集中到一處，太祖努爾哈赤“憑爾幾路來，我只一路去”，這不就是“故形人而我無形，則我專而敵分。我專為一，敵分為十，是以十攻其一也。則我眾敵寡，能以眾擊寡者，則吾之所與戰者約矣。”
“其二：故知戰之地，知戰之日，則可千里而會戰;不知戰之地，不知戰日，則左不能救右，右不能救左，前不能救后，后不能救前，而況遠者數十里，近者數里乎!以吾度之，越人之兵雖多，亦奚益于勝哉!故曰：勝可為也。敵雖眾，可使無斗。”
“薩爾滸之戰，明軍兵分四路，通訊條件又差，他們的主帥根本無法及時掌握各路兵馬的動向，即使能知道，也是滯后的，而我大清的軍隊只有一路人馬，只要多派出幾個斥候，就能隨時掌握敵人的消息，同時因為所有的兵馬集中一起，也無需調度，這時間與效率、以及對信息的掌握程度豈能是那猶如盲人的大明軍隊可比。”