張溥的奏疏呈上后，很受朱由檢的重視。
因為他這段時間正在指點錢謙益制定論文格式，完善學術期刊。
對于要求格式，大明的士人是能接受的。因為科舉所用的八股文，就是一種文體。
他們連八股都能寫出來，對于論文格式，當然能夠接受。
朱由檢仿照后世的論文，制定了題目、作者、摘要、關鍵詞、目錄、正文、參考文獻和附錄等規范。
并且為每一篇論文編號，按照時間和經史文哲等類別進行分類。確保每一篇論文都有據可查，能夠在論文庫中快速找出。
這些要求都不算什么，錢謙益很快就適應了。
讓他不適的是，皇帝要求引用古人的話必須用原文，不能隨意篡改。
引文還要加上引號，在參考文獻中寫明出處。
他對這種呆板的要求很不習慣，諫言道：
“一篇文章，到處都是引文，讀著太零碎了。”
“而且有些古人的言語不適合在文章中直接引用，需要節略或修改。”
“臣以為意思相近即可，不用都標明出處。”
朱由檢也覺得到處都是注釋看著不連貫，但是不這樣的話，有些人能學蘇軾亂編。
所以他要求道：
“文學類詩文、例如《六國論》之類的論說文，可以不強制要求。”
“但是學術論文，必須嚴格遵守規范。”
“義理史學為何無法以史為鑒就因為他們為了論證義理，剪裁甚至編造史料，得出的結論自然都是他們想象的，對現實毫無裨益。”
“先生推行實證史學，可不要忘記這個教訓。”
錢謙益聽到后悚然一驚，知道自己剛才只注重文章，忘記了實學目前的根基在史學。
如果不能打好根基，實學的“實”字就會成為笑話。
甚至連皇帝都會拋棄，扶持其他學問。
所以他當即贊同道：
“學術論文，確實不同于文學。”
“陛下將文學單列，可謂高明遠見。”
對皇帝大加贊揚，附和皇帝的意見。
朱由檢哈哈笑道：
“白居易創作詩文，每成篇，必令其家老嫗讀之，問解則錄。”
“文學是要向大眾傳播的，自然應該平易，淺顯易懂一點。”
“但是學術著作，是給深入研究的人看的，深奧一些也沒關系。”
“學術論文和論說文體不同，不能等同而論。”
“當然，有能力的也可寫論說文做正文，去掉引文等發表。”
“但是作為學術論文發表時，還是要按格式。”
錢謙益對論文的認識就是論說文，例如《過秦論》《封建論》等文章。他寫的《恒產論》《生產論》也是如此，可謂文彩斐然。
所以他對皇帝的論文要求才感到不適，認為用這種辦法，很難把文章流暢地寫出來。
如今聽皇帝這么說，他當即道：
“臣以為論說文可分為文學版和學術版。”
“擅長文學的可以先寫文學版，再按學術論文規范，整理出學術版。”
“擅長學術的就寫學術版，是否創作文學版任其自便。”