研究它的文章自然也要封存，埋在故紙堆里。
朱由檢以此為例，繼續道：
“還有邊疆四夷的史書，同樣也不能隨意傳播。”
“這些書有的頌揚割據分裂，有的則站在夷狄的立場上，不合華夷之辨。”
“大一統、尊王攘夷、華夷之辨，這些都屬于春秋大義。”
“符合春秋大義的史書，方能傳播出去。”
如此也算是部分承認了義理史學，劉宗周道：
“春秋大義，昌大一統、重華夷之辯、明夷夏之防，應當人所共尊。”
“臣以為研究歷史當以春秋大義為先，不合者完全拋棄。”
想把義理史觀的重要性，抬到實證史料之上。
錢謙益針鋒相對，認同皇帝說的歷史研究無禁區。有史料就要研究，辯證其中真偽。
朱由檢不想聽他們爭起來，更不想在沒打倒理學的時候，自己扶持的新學派就內部分裂，明確向他們道：
“歷史研究，史料為先。”
“無論是否承認，史料都在那里。”
“如果你不分辨清楚把史料用上，它就可能被人先用來攻擊你。”
“像宋儒一樣剪裁史料，把不利于義理的史料視而不見，那是掩耳盜鈴。”
“為了義理編造史料，更是可以稱為學術不端。”
“用這種辦法論證的義理，是無法指導實踐的，更無法引以為鑒。”
“蠻夷殺過來時，可不認所謂的義理。”
對于義理史學，又是重重一擊。
在明確宋朝滅亡屬于亡天下后，群臣沒少探討其中原因。
如今按皇帝的說法，義理史學也是亡天下的原因之一：
宋儒對歷史的認識從根子上就是錯的，所以不能以史為鑒，從歷史中汲取教訓。
這種錯誤，平時還可以自欺欺人。但是到了蠻夷殺過來時，卻擋不住刀劍。
如此慘痛的教訓，讓支持義理史學的盡皆沉默。
實證史學，確立了在歷史領域的首要地位。
不過他們也受到限制，那就是史料可以隨便研究，但是對外傳播，卻要符合義理。
如此方能讓天下穩定，人心不致混亂。
義理史學以另一種形式，繼續頑強生存。
同時，義理史學也開始發生進化，杜絕剪裁編造，提倡在著述歷史時有顯有晦、為尊者諱——
把不符合義理、不符合傳主形象的事跡寫得隱晦，這仍舊屬于春秋筆法，卻沒有歪曲事實。在墓志銘、名宦志等寫作上，非常受到歡迎。
兩個學派一持史料、一持史觀，相互爭斗不熄。
——
不過對朱由檢來說，在確定總的原則后，史學界的爭斗已經不值得他注意了。
他探討史學的原因是春秋注釋，如今在確定用實證史學取代義理史學后，黃立極提議的春秋注釋方法，也得到了認可。
朱由檢向群臣道：
“先前黃卿曾說，注釋春秋當先用黃帝紀元，再從《左傳》等典籍中摘錄發生的事，再參照《公羊傳》《穀梁傳》等解讀義理。”
“朕對此深以為然！”
“《春秋》一經，亦經亦史。”
“對待它要先用實證史學辯證真偽，再解讀其中的微言大義。”
“對春秋大義，一定要做好總結，確定什么樣的史書符合春秋大義，可以傳播出去。”