對待經學，朱由檢非常慎重。
即使他想用新學問取代理學，仍舊表示要繼承二程、朱熹的注釋，在其基礎上點校修繕。
避免學習四書五經的士子無法適應，科舉考試產生混亂。
但是對于史學，他就毫無顧忌了。
把宋儒開創的義理史學全部掀翻，直接拋在一邊。
這種激烈的態度，讓群臣很不適應。
劉宗周道：
“五代之后，人心喪亂。”
“宋儒以理闡史、以史證理，使理義大本復明于世，焉能稱為錯焉”
“陛下所學《資治通鑒》，便是宋儒司馬光編撰。”
指明義理史學的意義和《資治通鑒》的重要性，這在大明是顯學。
不但民間學習，就連皇帝的教材，也有《資治通鑒》。
朱由檢此前多次被群臣建議學習通鑒，甚至還不得不聽了幾課，對此當然知道。
不過他對這部書并不怎么感冒，說道：
“義理史學，自然有其意義，但是已不適合當前這個時代。”
“你們可有人記得，朱子是怎么評價《資治通鑒》”
朱熹評價司馬光和《通鑒》的話語很多，其中有褒有貶。
但是皇帝這樣詢問，顯然不是善意，錢謙益揣摩皇帝心意，說道：
“朱子曾說：溫公《通鑒》，凡涉智數險詐底事，往往不載，卻不見得當時風俗。”
“如陳平說高祖間楚事，又如亞夫得劇孟事，《通鑒》皆不載，是不知當時風俗事勢也！”
“溫公不喜權謀，至修書時頗刪之，奈當時有此事何”
這是對《通鑒》的批評，很符合朱由檢的意圖，讓他龍顏大悅。
其他臣子見此，自然也知道了怎么說，紛紛開始出言。陳繼儒道：
“朱子又曰：溫公修書，凡與己意不合者，即節去之，不知他人之意不如此。《通鑒》此類多矣。”
“其編撰《通鑒》時以義理為先，謂為‘新義勝舊義，新理勝舊理’。”
“只要‘史有記錄之害義者’，那就‘不可不正’。”
“名為記述歷史，其實在講經義。”
朱由檢頷首認可，又向倪元璐道：
“這種先定義理，再剪裁史料的做法，是否符合倪卿所說的‘不直書而加論斷’呢”
“《三朝要典》，是不是義理史學”
倪元璐聞言兩眼睜得大大的，不敢相信皇帝竟然這么說——
把自己評價《三朝要典》的話，用于評價《資治通鑒》。
他很是忿怒地說道：
“那能一樣嗎”
“溫公是為了闡述義理，逆豎是為掩蓋其非，所述全是歪理。”
怒噴皇帝一通，請他收回這句話。
朱由檢見他如此破防，心中毫無憤怒，反而有啞然失笑之感。若非是在經筵上，只怕會大聲笑出來。
心中不認可這種雙標的話語，朱由檢面對群臣，卻不得不耐著性子道：
“無論義理還是歪理，都稱得上道理。”
“義理史學可以剪裁史料，歪理史學為何不可以”
“所以朕說，宋儒開創的義理史學，已經不適合這個時代。”
“《三朝要典》，是義理史學的巔峰，它已經走入了邪路，不可不引以為戒。”
這種把《三朝要典》當成義理史學的說法，群臣都覺得難以接受，倪元璐大聲說道：