建立樞密院后五軍都督府如何安排，一直是讓朱由檢頭疼的大事。
這個機構雖然已經腐朽、權力也早就被文官奪取，但是它的存在本身，就是對文官的制衡。
更別說京城的勛貴，大多在里面任職。
朱由檢為了不讓勛貴離心，就要慎重對待。
之前成立樞密院時，張維賢等人就多方活動，爭取能夠保住五軍都督府。
朱由檢出于安置有功將領的考慮，保留了這個機構，以便把滿桂等立下大功的邊軍將領，方便調到朝廷任職。
同時，因為五軍都督府里多有勛貴任職，發出的聲音比較大。他打算讓五軍都督府作為世官和軍官的俱樂部，代武將發出聲音。
這個任務應該說完成得還可以，一些衛所出身的士子成立的《衛報》，如今就得到了五軍都督府的支持。
大明的軍事類報刊中，此報當屬第一。在所有報紙中也僅在四大報之后，有“第五大報”的稱謂——
當然，所謂的“第五大報”有幾個，那就不需要細說了。
如今《衛報》在勛貴和武官的支持下，雄心勃勃地想成為四大報之一。
他們打算學習《明報》，用上市籌集資金。
這種現象，是朱由檢樂于見到的，所以他打算加強五軍都督府，讓他們擁有一點實際權力。
不過文官對此，那就不愿意見到了。
因為皇帝不僅要讓五軍都督府領兵，還透露出讓他們執掌都司衛所之意。
否則五軍營的士兵從哪里來？各地衛所誰愿意把精兵調過來？
兵部左侍郎秦士文道：
“陛下，兵役動員事務，屬于兵部的兵役司。”
“從地方征調士兵，應該由兵部負責。”
右侍郎熊明遇也說道：
“城外順天府各地的兵役動員事務，已經劃歸兵備道和守備區的護軍負責。”
“沿海各地的海防區，也在設立護軍。”
“陛下讓五軍都督府從各地征調士兵赴京，難道要廢除此制，重新回歸舊制讓五軍都督府掌管都司衛所？”
五軍都督府的勛貴倒是這樣想過，但是被文官磋磨了幾百年的他們，實在沒勇氣說出這番話。
否則之前在把衛所軍政事務分給護軍時，他們就會反對了。
如今木已成舟，他們更爭奪不回來。
朱由檢掃了這些勛貴一眼，就知道他們根本不可能扶起來。
對他來說目前最重要的是推行軍制改革，而不是幫勛貴和武將爭奪權力。
所以他明確道：
“軍政事務歸兵部，這是之前就定下的，今后也不會改。”
“秦侍郎和熊侍郎堅持朕制定的原則，應該嘉獎鼓勵。”
口頭表揚了兩人一番，朱由檢又說道：
“但是除了軍政事務之外，其他的衛所的事情，還是要由五軍都督府參與。”
“例如世襲軍官和世襲軍士的襲替、優養、審判等事，都應有五軍都督府派人參與，防止他們受到不公待遇。”
“三大營的武將出自五軍都督府，更可以說是慣例。”
“兵部要按要求為五軍營征兵，樞密院下達調令調過來。”
這個流程確定，五軍都督府的勛貴心中一陣哀嘆，知道五府擁有的權力，仍是以前那些。
樞密院和兵部則是滿意，因為他們爭取的權力，被皇帝再次從流程上定下來。