被朱由檢派去出使西洋的孫元化，是在九月出發的。
自從六月被確定為出訪使臣后，孫元化積極準備，把皇帝交給自己的任務，仔細記了下來。
并且和龍華民等傳教士交流，按他們的指點，從海軍中選擇了六艘能用于遠洋航行的船只，讓天津的造船工匠改造，達到出使要求。
對于這點，很多官員提出異議。他們認為要么不出使，要么就應該建造巨大的封舟，以顯大明天威。就像是冊封琉球國王一樣，花幾年時間造封舟。
這種智障言論，朱由檢理也不理。還把原打算流放海外的阮大鋮放出來，作為副使負責文化交流——
此人在戲劇上頗有天分，朱由檢想搜集一下泰西的樂器和戲劇。所以就把他廢物利用，丟進出使團隊。
還有一些閹黨罪臣，同樣如此處置。劉應坤、葛九思等依附魏忠賢的太監，因此得到啟用，作為皇帝的私人使者，出使羅馬教廷。
在培訓和準備了幾個月，等徐光啟把利瑪竇翻譯的四書修改印刷之后。孫元化、阮大鋮等人，帶著書籍、絲綢、瓷器等禮物和商品，浩浩蕩蕩南下。
抵達福建的時候，他們在月港休整了一下。并且等待另一位副使許顯純，加入出使團隊。
許顯純好不容易適應了東寧的生活，是不愿意出使西洋的。因為他知道海上的危險，東寧開發過程中就有不少人死去。
但是在得知皇帝讓他以皇親國戚和伯爵的名義出使后，他很快就答應了。因為以他對當今皇帝的了解，有了這個名義后，自己將來只要立下功勞，就有很大的可能獲得伯爵爵位。
所以他離開了剛剛適應的東寧，加入出使團隊，擔任使團武官，并且兼任副使。
他的職責，主要是利用勛戚的身份，和西洋的貴族交流。避免派出的都是文官，和貴族交流不起來。
同時，許顯純還以錦衣衛指揮同知的身份，掌管使團武力。并且和劉應坤、葛九思等太監，搜集泰西情報。
幾個閹黨罪臣，在出使船隊中相遇后，都是相顧欷歔。
他們誰也沒有想到，會在這個地方再見。
詢問各人情況，得知霍維華、田爾耕等人打算去遼東作戰，用功勞洗刷罪名后，曾任督師遼東太監的劉應坤道：
“我在遼東還有一些關系，雖然他們不見得認，卻可以試著聯系一下。”
“待會兒我寫幾封書信，讓人送給霍先生。”
葛九思也說道：
“我在宣大的時候和秦士文搭檔得還不錯，他現在是兵部侍郎，看在以前的面子上應該會出點力。”
“咱們這些人落到這個境地，應該相互幫襯。”
當初秦士文由宣府巡撫升到兵部，他在其中出了不少力。也因為秦士文為他說好話，皇帝認為他還有些能力，得到這次出使的機會——
這趟行程，雖然頗有危險，但對他們這些閹黨罪臣來說，卻是難得的機會。
皇帝已經許諾了，只要他們能完成出使任務，在泰西駐扎十年以上，就會給他們封世襲爵士，由家中弟侄承襲。
劉應坤和葛九思為了家中富貴，也為了在宗廟中能被世代祭祀，對這次出使很認真。不但從宮中選了許多精美器物作為送給羅馬教廷的禮物，還向孫元化、龍華民等人，學習教廷使用的拉丁文。
許顯純加入使團之后，就被他們帶著，同樣學習拉丁文。
這也是孫元化面對這么多閹黨余孽，不怎么擔心的原因——
他再怎么說也是這些人的老師，在身份上天然壓制這些人。
而且作為皇帝任命的全權大使，他有尚方寶劍和符節印信在身，并且有從武道大會上選出的技擊高手隨侍。