王守仁這個人物，在大明爭議非常大。主要是他的心學，所帶來的爭議。
心學剛出現時，有很多士人非議，然后又得到推崇，并且有一段時間的興盛期。正是那段時間，王守仁被從祀孔廟。
但是從王守仁從祀孔廟的過程，就知道即使在心學興盛時，他身上的爭議也很大——
王守仁從祀孔廟的過程，整整經歷了十八年、三次大規模廷議。
最終萬歷皇帝迫于“天下之為新建學者，大率十而七”，在王守仁的廷議得票率僅為三分之一強的情況下，把他和得票數相同的陳獻章，一起從祀孔廟。
那是心學全盛時的事情，如今的心學在經過那段時間的興盛后，已經淪為空談。天下人對于心學，更多的是非議。
東林書院的興起，就是顧憲成、高攀龍等人打著復興理學的旗號，批判心學揚名。
也就是錢謙益曾經學過一段時間心學，否則他這個顧憲成的后繼者會第一個跳出來，反對王守仁成為紫閣功臣。
現在嘛，因為朝堂上的東林黨高官還不多，而且還不是東林書院的核心人物。所以對王守仁列入紫閣的反對，不是那么激烈。
另一位被列入東林黨的學術領袖劉宗周，早年沉迷理學時對心學不怎么感興趣。后來卻明白了“致良知”的妙處，領悟慎獨學問。
他雖然對現在的心學門人中“援良知以入佛者”，仍舊十分厭惡。卻認為王守仁不應該因為這點非議，無緣紫閣功臣。
面對眾多大臣的爭議，劉宗周道：
“陽明先生的學問是立言，不當作為功業。”
“其功業當從擒賊平亂、安定社稷來看。”
認為不用討論王守仁的學問，只討論他的功業。
朱由檢對此也很贊同，說道：
“現在是討論紫閣功臣，不是討論從祀孔廟的儒者。”
“王守仁的學術爭議，在此不必提起。”
這個基調定下來，事情就簡單了。
王守仁以平定南贛盜賊、寧王之亂、藤峽盜亂的功勞，名列紫閣功臣。
因為南贛一帶還有他的祠堂，朱由檢擬封王守仁為贛州府城隍，并允許周圍的府縣祭拜。
被追贈的新建侯如故，后裔世襲新建伯。朱由檢催促孔貞運等人，盡快把新建伯爭襲案定下來。
至此，王驥、王越、王守仁這三位因功封伯的文臣，全部成為紫閣功臣。
群臣更深切地感受到，皇帝對武勛的推崇——
文臣想名列紫閣的話，最好的辦法是去戰場上立功勛。
純粹以文臣身份名列紫閣者，到現在都只有商輅一人。而且被很多人視為：功績最低的紫閣功臣。
這種現象，讓很多文臣不甘，他們急忙提出其他有功績的文臣。
作為正德、嘉靖年間的人物，和王守仁同時期的還有楊廷和、楊一清等名臣。
尤其是楊廷和這位內閣首輔，群臣認為以當今皇帝對登極功勞的看重，楊廷和必然名列紫閣。所以他們紛紛提出，楊廷和應該以除難定策的功勞，成為紫閣功臣。
但是朱由檢聽到這個名字，卻是眉頭大皺，向群臣道：
“你們真的以為，楊廷和有定策之勛嗎？”
“世宗皇帝的時候，對此是何定論？”
群臣聽聞此言，頓時面面相覷。因為世宗皇帝對楊廷和可是非常不待見，把他稱為大禮議的罪魁禍首，“以定策國老自居，門生天子視朕”，將其削職為民。
楊廷和死的時候，以庶民之禮下葬，直到隆慶元年，才被穆宗皇帝賜謚文忠、追贈太保、諭祭九壇、蔭敘子孫。