劉宗周名望極高，甚至可以說在顧憲成、高攀龍死后，他是大明士林僅存的泰山北斗。
朝廷都公開贊揚劉宗周“千秋間氣，一代完人，世曰麒麟鳳凰，學者泰山北斗”——
如果朱由檢這個皇帝不用他，甚至都有可能被非議“野有遺賢”。
所以在打倒閹黨之后，劉宗周就被朱由檢列入第一批起復名單。而且他記得劉宗周是殉節忠臣，還知道他是大明最后一位儒學大師、宋明理學心學殿軍、黃宗羲的老師。雖不知他能力如何，還是起復為僉都御史，負責查辦閹黨。
朱由檢相信這個在天下間深孚眾望的人，不會讓自己失望。即使以后有人對閹黨的處置有非議，也能借助劉宗周的名望壓下去。
果然，劉宗周的名字一出，誰都沒有話說。對他署理僉都御史，沒有任何異議。
唯一的問題是，朱由檢任命的僉都御史太多了，超過左、右二人。
許宗禮提出這個問題，朱由檢道：
“副都御史和僉都御史這兩個職位，以后就不再區分左右，根據所負責的職務，設置一位副都御史、四到六位僉都御史。”
“以后都察院由左都御史執掌院事，副都御史協理院事，僉都御史負責具體總署。”
“設置專門的右都御史，負責監察科道官員，并且和吏部一起管理御史加銜。”
“其他不在都察院卻有御史加銜的官員，朕授權他們和真正的御史一樣擁有監察權，可以監察不法，并且能監督科道官員。”
“十三道監察御史不變，仍舊負責原有公務。”
說著都察院機構的調整，朱由檢為了讓他們轉向監督官員，還講解具體運行：
“所有監察御史都有獨立監察權，根據監察出事務的分類，提交給不同的總署協助。”
“如果有官員涉嫌腐敗，監察御史查出后，可以提交給廉政總署查處，確定具體證據。最終的結果由該監察御史和負責廉政總署的僉都御史簽字。”
“如果有官員在財政收支上有問題，那就提交給審計總署。”
“如果有官員涉嫌違法犯罪，那就提交給檢察總署提起公訴，讓大理寺審判。”
“如果有官員在這些方面都有涉及、或者案情重大，那就由該監察御史申請從各總署和十三道抽調人員，臨時組建獨立調查署，直到案件結束撤銷調查署。”
“調查總署設僉都御史執掌，劉宗周到京后擔任。平時可負責各個調查署的人員調配，但是如果沒有正當理由，不得拒絕監察御史組建獨立調查署的申請。”
“刑部和地方按察司等三法司官員，也要配合調查總署對人員的調用。”
這樣的調整明面上加強了御史權力，卻讓他們的精力主要對準官員。朱由檢可不想那么多御史閑著沒事盯著自己，讓他們去盯官員，總比盯著自己好。
群臣聽著皇帝對十三道監察御史和廉政總署、審計總署、檢察總署、調查總署的劃分，都感覺這位皇帝真的很有想法。都察院的未來，一定會有大變。
雖然那些不愿改變的臣子想要反對，這時卻說不出話來。都察院的御史都不說話，他們這些待罪的外人還有什么話說？
都察院的御史當然不說話，因為皇帝將都察院的都御史一掃而空。新任命的僉都御史剛剛才被問罪，又具體負責總署加強了權力，當然沒有話說。