當時，李孝恭并未直接動用軍事力量，而是以重金籠絡各地官員，最終使得30余州歸降李唐。隨后，他又聽說朱燦殘殺百姓，于是率軍出擊并大敗齊軍。
戰后有人建議將戰俘全部坑殺，但李孝恭認為，一旦傳出唐軍坑殺俘虜的消息，會對唐朝的聲譽造成負面影響，并且可能導致其他敵軍更加頑強地抵抗。
相反，通過善待俘虜可以向敵方傳遞出一個積極的信號，表明唐朝是一個愿意接納投降者的政權。于是，李孝恭將朱燦的部下全部釋放。這一舉措果然贏得了多個勢力的相繼歸附。
當時，江淮一帶的蕭銑勢力日益壯大。其領土范圍不僅廣泛，而且擁有強大的軍事實力，兵力已達40余萬。如果任其發展，將會對唐朝的統一進程造成更大的阻礙。于是，李孝恭被任命為夔州總管，負責建設水軍。
要知道，李孝恭的軍隊多數為北方士兵，因此僅是選拔適合的士兵就是一項艱巨的任務。何況在熟悉航海技術之外，還要訓練戰斗技巧和戰術。然而，李孝恭從建造船只到完成訓練，居然不到一年時間。
更加難得的是，面對占據各方優勢的蕭銑，李孝恭竟然以大勝告終。先是在清江口之戰中成功擊敗了蕭銑大將文世弘的數萬精兵，繳獲戰艦400余艘。
隨后，他又經過一系列戰斗，成功攻占了蕭銑的重要據點江陵，并俘獲對方兩位主要將領。
蕭銑最終出城投降后被李淵下令斬首，而李孝恭則被任命為荊州總管，并在荊州施行了一系列造福百姓的措施。
后來，輔公祏突然叛變，不僅占據了重要地理位置，而且在丹陽稱帝，擁有一定的軍事實力。唐朝必須迅速平叛，李孝恭因此受命征討，率領水軍開赴九江。
公元624年，他與輔公祏多次交鋒。期間，敵軍將領馮慧亮堅守博望山不出，李孝恭則斷其糧道，最終馮慧亮等部被打敗，被殺死和溺死者達1萬多人。
隨后，李孝恭又采取誘敵深入之計，以弱兵引誘輔公祏的主力軍隊追擊，結果輔公祏的主力遭到李孝恭提前布置的精銳部隊的重擊。至此，唐朝對江淮地區的叛亂基本平定。
根據史書記載，李孝恭總結了淮河以南、交趾以北、西至巴蜀、東到九江的廣大區域，估算土地面積達到了百萬多里。其作戰難度可以說與北方行動的李世民不相上下。
比如，李孝恭需要應對復雜的地理環境和強大的敵軍，同時還要處理民心問題。而李世民在北方作戰，雖然地理環境相對簡單，但面對的敵軍也同樣強大，且北方地區更具戰略意義。
不過有一點，李孝恭所帶領的將領在知名度和影響力上相較于李世民要稍遜一籌。除了軍神李靖之外，身邊幾乎沒有像秦瓊和尉遲恭這樣的人物
因此，自從隋朝大業末年起，李氏家族中除了李世民之外，唯有李孝恭能夠獨當一面。說他對唐朝打下了半壁江山，毫不夸張。他也因此被李世民排在凌煙閣功臣第二位。
李孝恭的晚年生活相當奢侈，家中舞女歌姬眾多。當然，這種奢侈并非純粹的揮霍享樂，而是用于減少他在政治舞臺上的威脅。
因為在此之前，他就曾受到誣告并被相關部門追究調查。因此，在證明清白之后，他更加謙遜，從不居功自傲。
后來，為了表現自己淡泊名利，他甚至賣掉了自己的豪宅，最終于公元640年病逝。</p>