然而，拓跋珪所面臨的局勢依然內憂外患。他的叔父拓跋觚為了爭奪王位，勾結劉顯，導致北魏內部政權動蕩不安。
時，北魏外部四面環敵，形勢十分嚴峻。
為了應對這一局面，拓跋珪與后燕結盟并獲得了戰略援助。
同年10月，拓跋珪的叔父拓跋觚率軍逼近，拓跋珪與后燕軍隊會合，大敗敵軍，拓跋觚逃至賀蘭部被殺。拓跋珪吞并了其部眾后，逐漸有了獨立對外作戰的實力。
在隨后的四年里，他先后打敗了獨孤部、沒歌部以及高車部等部落。獨孤部的劉顯被迫投靠后燕，高車部的人口和牲畜共計20多萬，盡歸北魏所有。
公元391年，20歲的拓跋珪已經在逆境中越發強大，開始對不肯投降的柔然發起進攻。
柔然因抵抗不力而率眾退避，拓跋珪如餓狼般緊追不舍，甚至在沒有軍糧的情況下宰馬為食，最終逼得柔然首領棄兵投降。
此后，拓跋珪又將矛頭指向世仇匈奴鐵弗部，在黃河溺死匈奴5000多人，鐵弗部首領單于劉衛辰在逃亡途中被手下殺死。至此，拓跋珪擊敗了大部分強敵，成為北方最強的勢力之一。
與后燕的恩怨
當時的北魏與后燕本是聯姻之國，拓跋珪因后燕對他復國之初的幫助而與其交好。
然而，隨著北魏的國力日漸強盛，拓跋珪開始萌生滅掉后燕的野心。后燕當然也打著自己的算盤，一心想控制北魏的發展，于是率先挑起事端。
公元394年，后燕扣留了北魏的使者，并要求拓跋珪向后燕提供軍事援助。雙方因拓跋珪的拒絕而關系破裂，北魏開始與后秦聯合對付后燕。
公元395年，后燕出動10萬大軍進攻北魏。拓跋珪知道無法正面匹敵，便率兵避戰。后燕直接收降了北魏別部3萬多家，然后與拓跋珪對峙于黃河兩岸。
當時，身在都城的后燕皇帝慕容垂已經患病，此次出征是由他的兒子慕容寶指揮。
對峙中的拓跋珪派人守在燕都通往前線的道路之間，抓住后燕的使者，逼迫他向燕軍假傳慕容垂已經病逝的消息。此舉果然成功動搖了燕軍的士氣，并且造成了嚴重的內亂。
慕容寶被迫燒船撤軍，拓跋珪隨后派出2萬騎兵追擊，并在參合陂大敗燕軍，俘獲后燕將士共10萬多人。然而，在大臣的建議下，拓跋珪將這些俘虜全部坑殺，史稱“參合陂之戰”。
拓跋珪勝利的喜悅還未褪去，慕容垂便親率大軍再度伐魏。北魏平城3萬多人遭遇突襲被俘，慕容寶隨即奉命逼向北魏的都城。
拓跋珪面對后燕的強大攻勢非常恐懼，原本準備棄離盛樂，避開鋒芒，卻在關鍵時刻發生了戲劇性的一幕：慕容垂居然因為看到了參合陂之戰的尸首而悲憤發病，后燕只能全軍撤退返回燕都，慕容垂最終于途中病逝。
這使得拓跋珪順利度過了此次危機。當然，慕容垂之死也成為拓跋珪反擊的機會。
公元396年，拓跋珪在整頓聲勢之后，于同年8月親自統領10萬大軍進攻后燕。經過兩年的艱難戰斗，拓跋珪最終稱雄華北。
此時的北方，前秦已經改為后秦，而征戰已久的北魏為了休養生息，派出使者送上千匹駿馬以示友好。
然而，拓跋珪因已將慕容氏立為皇后，后秦便以此為由拒絕了北魏的示好，同時還扣留了北魏使者。
拓跋珪于是對后秦發動進攻，其聲勢震動了秦都長安。之后，后秦君主姚興下令迎擊，結果秦將姚平所率領的軍隊在柴壁遭遇了拓跋珪的圍困。
4個月后，因糧草盡失，秦軍被迫突圍，最終失敗，姚平投水自殺，秦軍2萬多名士兵被俘，40多名重要官員被俘。拓跋珪當時準備乘勝繼續進攻，但因柔然的反叛，被迫撤兵。</p>