而狄仁杰性格剛正，雖然不反對武則天登基，但也不愿見酷吏為了討好武則天大肆羅織冤獄。因此遭到了武則天的寵臣來俊臣的記恨。
在拜相兩年后，63歲的狄仁杰就因為一樁子虛烏有的謀反案遭到了來俊臣的誣陷，從宰相變成了階下囚。熟諳律法的狄仁杰知道如果主動承認罪名就能減免死罪，于是狄仁杰一邊認罪，一邊想辦法把申訴的文書偷偷送到武則天手中。
武則天親自召見狄仁杰，問清了事情的原委，最終將其貶到了彭澤當縣令。
武則天的侄子武承嗣看狄仁杰不順眼武承嗣，經常在武則天面前說狄仁杰的壞話。然而，武則天作為一位精明的統治者，她對狄仁杰的才能和忠誠有著清晰的認識。
盡管武承嗣試圖挑撥武則天對狄仁杰的信任，但武則天并沒有被這些讒言所動搖。
狄仁杰在彭澤擔任縣令期間，他的治理能力得到了充分的體現。直到契丹部族作亂，狄仁杰才得到了重新啟用的機會。
公元696年，契丹首領孫萬榮攻陷冀州，武則天重新啟用了67歲的狄仁杰為魏州刺史。狄仁杰的威名使得契丹人聞風喪膽，匆忙撤軍，從而化解了一場危機。
武則天對此非常高興，不僅對狄仁杰進行了升官賞賜，還親自寫下了12個字的褒獎，以此表彰他的忠誠。第二年，武則天再次召狄仁杰入朝為相。
在立太子的問題上，武則天曾征求狄仁杰的意見，詢問應當立武家的人還是李家的人。狄仁杰建議立李顯為皇太子，這一建議最終被武則天接受，李顯被接回洛陽并立為皇太子。這一決策對于后來的唐朝政治格局有著深遠的影響。
即使在武則天晚年，她奢侈無度，寵信二張兄弟，但她對狄仁杰的信任并未改變。在朝政中，每當狄仁杰與其他朝臣出現爭議，武則天總是站在狄仁杰這一邊。
公元700年，狄仁杰病逝，享年71歲。武則天對此非常傷心，為了表達對狄仁杰的哀悼，她下令廢朝三日。
狄仁杰的去世對于武則天來說是一個巨大的損失，她失去了一位忠誠且能干的助手。狄仁杰的一生，是對唐朝法律、政治和社會穩定做出了巨大貢獻的一生，他的智謀和忠誠被后人所敬仰。
——“福爾摩斯是西方的狄仁杰才對。”
——“福爾摩斯最多就是探探案子，頂多能影響一個城市，狄仁杰可是左右了大唐啊，他夠跟我狄哥碰瓷嗎？”
——“能在武則天底下得到善終，足以見他的政治智慧。”
【《羅織經》的作者來俊臣，歷史上的酷吏到底有哪些手段？歷史酷吏來俊臣】
他是唐朝有名的酷吏，無賴出身，靠無限告密飛黃騰達。武則天曾攜他手，處理國家之冤獄，每親手一案都要大肆連坐，就連狄仁杰都差點栽在他的手中。
所做的《羅織經》更是將其如何羅織罪名、陷害殺人的過程記錄其中，如“請君入甕”、“鳳凰展翅”、“玉女登天”、“仙人之路”。這些非常手段，讓人看完以后不禁甘愿一死。