但是日本大本營并沒有理會，反而繼續使戰爭擴大化，這令石原莞爾極其不滿，索性耍起了脾氣，閉門會客。
現年五十三歲的石原莞爾身體并不好，原因石原莞爾在關東軍任職書時曾被自己所配軍刀捅中襠部，導致尿道口撕裂，飽受折磨。
“縱使我重新被起用又如何，大日本帝國已經沒有勝利的希望了，況且軍部內排擠我的人太多了”
“如果大本營不能答應我的請求，我是不會出山的”石原莞爾似乎還在賭氣。
1937年是石原人生的頂峰，二二六兵變中，他因為反應迅速，表現出色，于1937年3月晉升少將，并被任命為參謀本部作戰部部長，統領整個軍部。
但是九一八事變是日本近代史最成功的“下克上”行動。
石原莞爾成功后，加官進爵好不快活，于是后輩日本軍人無不以他為榜樣，不聽國內和高層指揮，頻頻在各處發動“下克上”事件。
這是石原始料未及的，石原本來想的是滿洲對日本很重要，拿下滿洲后，就應該停止戰爭，因為消化滿洲至少得二十年，否則以日本孱弱的國力，根本無力爭奪其他領土。
但不聽話的下屬太多，九一八事變后，關東軍把觸角伸到中國華北，頻頻有所動作。
石原根本無法說服這些少壯派軍官，理由很簡單，石原就是“下克上”起家的，當年石原的上官也沒能約束他。
最終七七事變爆發，將日本拖入了全面戰爭的萬劫深淵，石原的官路也走到末途。
七七事變后，榮升參謀本部作戰部部長的石原莞爾，在軍部會議上康慨陳詞，反對擴大戰爭。
他的下屬們卻是說道“我們就是學石原先輩的做法，有什么不對嗎”
石原啞口無言。
中日全面戰爭爆發后，主張不戰的石原莞爾被排擠出中央。
1937年9月，他調任關東軍參謀次長，當時的關東軍參謀長是東條英機，兩人不和。
后來東條升任陸軍次長，沒有推薦石原當關東軍參謀總長，而是推薦他的親信磯谷廉介接任。
后來石原還是整天提出各種奇思妙想，磯谷都不同意，終于暴脾氣上來，不辭而別，直接回日本。
軍隊不是說辭職就辭職，況且還是少將，不辭而別跟臨陣脫逃一樣嚴重。
君子報仇十年不晚，東條英機與幾個心腹商量后，想以“違反軍紀，臨陣逃脫”的罪名處分石原莞爾。
但石原的老搭檔板垣征四郎已經擔任陸軍大臣，為了保護石原，借口他身體不好，安排進了醫院。
1939年8月，石原莞爾晉升為中將，重新啟用為駐守京都的第十六師團長。
十六師團常駐京都，沒有駐外打仗，石原也就無所事事，再加上日本已經脫離了他的戰略方向，他對政治和軍事心灰意冷。
1941年，石原莞爾轉為預備役，正式結束軍人生涯。
諷刺的是，石原莞爾退役前，他的大名只在陸軍內部有人知道，退役后，聲名反而在全國范圍鵲起。
為因為日本目前在太平洋的戰爭并不順利，于是戰前一直標榜不與美國開戰的石原，逐步成為日本的神話。
此后幾日，日本的少壯派軍官再次來到石原家中，均沒有得到石原的召見。
這也是為什么岡村寧次收到解職的命令之后，派遣軍總部領參謀長田邊盛武暫時主持工作的原因。
“石原前輩為什么不見咱們難道石原前輩認為大日本帝國已經沒有希望了嗎”
“諸位，軍部已經等不及了，石原前輩無視軍部的命令，既然如此，我等也不必再遵守晚輩的禮儀”