后世歷史愛好者在研究大齊帝國官制時，經常容易犯下的錯誤是說大齊制度為齊承明制。
從表面上看，齊國官制與前明頗為類似，仔細比較還是有一定差別的。
在中央，以首相替代內閣，六部禮戶吏刑工兵直接對皇帝負責。
首相授大學士銜華蓋殿大學士、建極殿大學士、文淵閣大學士等，正二品。
設內廷大總管，東方祝為首任總管，大總管位列十二監、二十四衙門之首，與首相一起，有批紅之權。
區別于明制的一點是，武定皇帝對外戚勛貴勢力頗為重視，另設成國公頭銜，由外戚勛貴擔任，與首相、大總管一樣，亦享有奏章批紅權。
如此以來，大齊頂層便形成了相權、宦權大總管、皇權、外戚勛貴四權分立的局面。
首相負責對全國事務進行票擬提出處理意見，大總管與勛貴負責對票擬批紅批準意見，代行皇權，最終詔令下達前，須呈皇帝御覽。
大總管下設掌印太監一人，秉筆太監若干，掌印太監統管司禮監，首席秉筆太監掌東廠、鎮撫司蓑衣衛。
齊中樞設六部行宮、王宮各一套班子，一實一虛，六部下各設清吏司，其中戶部、刑部各十三清吏司。
令設檢察院、友愛寺。都察院由前明的都察院發展而來，主掌監察、彈劾及建議。友愛寺掌刑獄案件審理，由前明大理寺發展而來。友愛寺、檢察院、刑部因同掌司法，合稱中央三司。
此外，大齊廢除前明官制六科給事中即言官，廢除掌侍從，原先的諫諍、補闕、拾遺、審核、封駁詔旨等職責，由訓導官負責，御史亦被廢除。
在地方，大齊延續從元代便開始施行的行省制，仍舊為省、府、縣三級，省府縣三級主官由皇帝直接任免，縣以下為鄉、村，鄉村皆為農會、商會選出代表直接管理。
大齊行政機構，遠期規劃為三京八十一省包含安南、朝鮮、日本行省，三京為中京天心城、東京平壤、南京雅加達。
八十一省除關內三十六省外、還有遼東四省、蒙古五省，朝鮮三省、倭國十省、安南國六省、真臘國今柬埔寨三省、暹羅國今泰國六省、占城國今越南南部三省、蘇門答剌今蘇門答臘島八昔兩省、爪洼國今爪哇島三省、湓亨國今馬來半島兩省、三弗齊國今蘇門答臘島巨港三省、渤泥國今文萊兩省
其中，均州順天府一帶的直隸府合稱直隸。
各省最高行政長官為巡撫，下有承宣布政使司、提刑按察使司和行都指揮使司合稱地方三司
大齊與前明在軍事方面的差別，后文會詳細介紹，這里暫時不表。
太初三年三月，武定皇帝頒布詔令，委任原吏部侍郎葛業文為河南巡撫，南明降官路振飛為湖北巡撫，兩人在洛陽謝恩后，立即分赴開封、襄陽，走馬上任。
為加強對新占領區的統治，避免大軍東征朝鮮期間后院起火，各府州縣的官員都換成開原系老人，一大批從學堂畢業的訓導官、商會學徒進入府州縣衙門任職。
在大清洗運動中成長起來的農會，憑借著武力支持，架勢牢固掌握縣以下權力，代替了原先依靠宗法、族長統治鄉野的“鄉賢”治理體制。
在農會強大攻勢下，農村舊制度徹底碾碎。
太初三年春天，武定皇帝在中原、荊襄劃了幾個圈，一座座嶄新的屯堡學校拔地而起。
荊襄流民陸續遷出大山，進入屯堡耕地；各府州縣孩童，紛紛入學學習。
按照大齊教育法令，帝國幼童，無論漢苗蒙古女真，無論男女，六歲以上，十二歲以下者，都必須進入學堂學習識字，學習自然科學、軍事、地理、等學科知識，當然，也少不了對大齊皇帝、大齊軍隊的感恩學習。
從兒歌“謝謝你因為有你溫暖了四季”到“沒有武定皇帝就沒有新中華”，武定皇帝三歲能騎馬，五歲能殺敵，十歲已經指揮大軍作戰
在戰兵代表、商會代表，訓導官、各科老師敦敦教導下，諸如此類的“真理”，被牢牢鑲刻在所有學生腦海深處。
訓導官森悌得意洋洋道“他們學生或許會忘記自己姓甚名誰，但絕不會忘了是誰將他們從餓殍中拯救出來，給了他們新生”