1390年有人告發李善長與胡惟庸關系密切，李善長因此被賜死，家屬七十余人坐死，總計株連者達三萬余人，史稱胡惟庸案。
此后，朱元璋又借大將軍藍玉張狂跋扈之名大加誅殺，連坐被族誅的有一萬五千余人。
加上空印案與郭桓案合稱明初四大案。
朱元璋通過打擊功臣、設立錦衣衛加強特務監視等一系列手段來加強皇權。
1398年朱元璋駕崩，由于太子朱標早死，由皇太孫朱允炆即位，年號建文，即明惠宗，明惠宗為鞏固皇權，與親信大臣齊泰、黃子澄等密謀削藩。
周王、代王、齊王、湘王等先后或被廢為庶人，或被逼自殺，同時以邊防為名，調離燕王朱棣的精兵，欲鏟除朱棣。
朱棣在姚廣孝的建議下，以“清君側，靖內難”的名義起兵，最后率軍南下，攻占南京，史稱靖難之役，后明惠宗在宮城大火中下落不明，朱棣即位，改元永樂。
朱棣在獲得皇帝尊位之后，決心從南京遷都到bj，一方面是因為南京城因為朱棣起兵“清君側”，使得南京城再不復往日繁華，反而呈現一片蕭條破落的景象。
另一方面是因為北方關外有蒙古、滿清等諸多勢力虎視眈眈，隨時都可能趁大明王朝不備而一起攻打明朝。
為了國家穩定和堅定抵御外敵于國門之外的信念，永樂大帝毅然決然的決定遷都北京，以京都來固守國門，抵御外敵使得敵人不敢隨意進犯。
千金之子坐不垂堂，永樂大帝貴為皇帝，身系一國之命脈，卻不顧個人安危，堅決遷都，為大明王朝的將士做出楷模，大明皇帝的民族氣節由此可見。
而永樂七年（公元1409年）明成祖朱棣派遣使節北上韃靼，要求“相與和好，朕主中國，可汗主朔漠，彼此永遠相安無事。”
可不知韃靼大汗本雅失里哪根筋搭錯了，竟然殺了明使，此舉使得朱棣龍顏大怒，聲稱“逆命者殲除之”。
隨后派遣淇國公丘福率領十萬大軍征討韃靼，可惜由于丘福用兵不當、貪功冒進，明軍大敗。
朱棣得知后再次大怒，決定親征韃靼。
永樂八年（公元1410年）明成祖朱棣率領五十五萬大軍北伐韃靼，三個月后于斡難河畔大破韃靼軍隊，韃靼大汗本雅失里僅僅率領七騎逃出了包圍。
隨后明軍又在興安嶺擊敗韃靼太師阿魯臺軍，阿魯臺不久后歸降明朝，朱棣封其為和寧王，朱棣第一次親征漠北朱棣大獲全勝。
史載次凌霄峰，登絕頂。望漠北顧胡廣等曰：“元盛時，此皆民居。今萬里蕭條，尚敢倔強，果何所恃哉！”進次玄石坡，制銘勒于立馬峰之石，銘曰：“惟日月明，惟天地壽。玄石勒銘，與之悠久。”上親率鐵騎敗之，次擒胡山，勒銘曰：“瀚海為鐔，天山為鍔，一掃胡塵，永清沙漠。”又次清流泉，勒銘曰：“于鑠六師，用殲丑虜；山高水清，永彰我武”。。。
朱棣第一次親征過后，瓦剌勢力不斷擴大，阻遏了明朝到西北的通道，還企圖控制韃靼。
永樂十二年（公元1414年）朱棣第二次親征漠北，三個月后，明軍與瓦剌軍隊對峙山頭，朱棣派兵向瓦剌首領馬哈木挑戰，馬哈木隨之派騎兵沖下山坡應戰，明軍也不廢話，直接火力壓制，蒙古騎兵被明軍的神機銃炮通通射回，只得聚集在山頂。
到了傍晚，朱棣命數百騎兵趁著夜色向瓦剌陣地沖鋒，火銃在后進行火力壓制，這一戰瓦剌大敗，史稱“忽蘭忽失溫之戰”，這也是中國歷史上步、騎、炮多兵種首次協同作戰。