楊清源參照原本大理寺的制度，將大理寺劃分為明秋司、察毫司、緝盜司、廣聞司、鎮獄司、天秩司、斷罪司，七個部門。
明秋司，負責刑案要案的主要偵查以及搜集證據、調查巡防等一系列刑偵工作，明秋司以大理寺推官狄知遠為明秋司司主。
勘微察毫，罪證難逃即為察毫司，負責刑案現場的痕跡檢驗，尸體的勘驗等技術偵查類的工作，以勘驗大師宋惠父為察毫司司主。
緝盜司，暫時由鐵成鉉主持，鐵成鉉出身武當，江湖之上也有些人脈關系，正好負責追捕江湖的惡徒大盜。
監察天下，廣聞八方，廣聞司，大理寺的情報部門。這是大理寺目前起步最艱難的部分，好在楊清源控制了漕幫，又和天機樓的天機子有幾分交情，不然這廣聞司就真成白手起家了。廣聞司楊清源暫時交給了姬瑤花負責，因為實在沒什么合適的人選了。
鎮獄司，字面上，是大理寺中看押重犯的職能部門，但是在前文華殿大學士，大理寺卿藍惟庸手中，鎮獄司卻是大理寺的最強戰力。
當年藍惟庸事敗自殺，大理寺被太祖肢解，鎮獄司便被編入了太祖親軍，成了今日之錦衣衛，鎮獄司戰力可見一斑。這個部門最適合葉劍寒了
不需要動腦子
至于天秩司，就是一個文職屬性的部門，負責大理寺的文書、后勤工作，暫時由老辛負責，當然，這也是暫時的，天秩司真正的職能是在整肅江湖，略有成效之后。
斷罪司，這才是大理寺作為三法司最正經的部門，負責案件審理。此司不設主事之人，在有大案發生之時，由楊清源親自主持工作。
如此一個功能齊備的大理寺便新鮮出爐了，當周帝看到楊清源改制奏本之后，才發現這個小家伙的野心之大。
若是按照楊清源的結構來重建，大理寺便會恢復成那個執掌天下刑律的最高政法機關。
但楊清源不是藍惟庸，也沒有明教在朝中興風作浪。
思慮再三之后，周帝準奏此事。
暗六部更像是情報部門，這么多年除了六扇門和神侯府，其余四部對于江湖一直沒有太好的制衡手段，大理寺正是承載這個任務誕生的。
江湖有多強大，周帝是知道的，不是每個人都懷著學得文與武賣于帝王家的目的。
真正的武學高手，心中溝壑，感悟天地，豈能郁郁于皇權之下，即便是想要權財，也有自己的方法。
現在朝中的洞玄之上的高手，多是志向于此，真正徹底忠于周帝的，也僅有東西兩廠的兩位廠長。
若是即想要整肅江湖，又想對大理寺多加束縛，最終可能只是再培養一個暗六部出來而已。
得到了周帝的御批回復之后，楊清源的大理寺改革開始了。
但是在這期間，楊清源還做了一件事情。
楊過母親的遺蛻尚沒有送回嘉興，但是楊過年紀尚小，而且路途遙遠，楊清源自己又沒有空閑，一直耽擱著。
思慮再三，楊清源決定讓楊過前往嘉興。而且當日郭靖夫婦已經答應擔任大理寺的客卿，但是令牌和銀兩一直沒有發放，楊清源便有意讓楊過走這一趟。
但是楊過一人獨自前往，楊清源難以心安，楊清源便來到了一家鏢局門口，打算托個活鏢。
這家鏢局在京城之中，名聲不顯，但是楊清源卻知道，父子二人，俱是人杰。
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