而小次郎和皮卡丘依然在尋找著回家的方法。
在這個過程當中，云瑪瑪告訴他們，在這個世界上存在著六塊智慧之石的碎片，只要能夠集齊它們，就能夠開啟強大的時空之門，到那個時候，皮卡丘他們就能夠回家了。
消息是令人振奮的，過程是曲折的。
為了湊齊智慧之石的碎片，他們去到了不同的迷宮當中進行探險。
有在地底的，有在沙漠當中的，有在大雪山里的，甚至到最后，還出現了天空之城的名場景。
他們在一些神秘部落當中的寶可夢們的幫助下，開啟了去往天空的通道，來到了上方的浮游天空之城，經過一番探險和解謎，還要擊敗喵喵和武藏他們派來的強大寶可夢，應付他們的騷擾
在這樣的情況下，他們最終終于湊夠了6塊碎片。
差不多花費了一個多星期的時間，一直到新年伊始，他們終于到了游戲的尾聲。
可就在這個時候，轉折突然發生了。
智慧碎片能夠匯聚起強大的能量，可當它們被拼湊在一起，形成了一面完整的智慧之石的時候，云瑪瑪卻突然從皮卡丘的脖子上飛了出來，張開大嘴一吞，就將智慧之石給吞了進去。
“哇哈哈哈哈我等這一天等了好久了”
云瑪瑪的身體膨脹著，不停地變幻著，最終變成了一個龐然大物橫亙在眾人的頭頂上。
看起來就像是一團漆黑的烏云。
“謝謝你們，皮卡丘，小次郎，你們真的是一群可愛的傻瓜呢，幫助我拿到了我曾經失去的東西，從今天開始
顫抖吧，凡人們，你們的神又要回來了”
云瑪瑪咆哮著，震天動地，天地變色，整個世界都陷入了極大的恐懼之中。
“這是”
佐藤禮子回過頭來，一臉震驚地看著上杉昇。
后者也是類似的表情。
“發生了什么”
兩個人全然不能理解。
而在這個時候，喵喵和武藏才剛剛趕到。
云瑪瑪用自己強大的能力，將喵喵從神壇上趕了下來，并且制造出了無比恐怖的謎團，讓整個世界都陷入了黑暗之中。
當地的寶可夢和原始人們都害怕極了，跪在地上求饒。
就在這個時候，故事徹徹底底發生了反轉。
原來喵喵并沒有拋棄火箭隊們，想要留在這個世界當中成為神是事實，可是想要跟伙伴們一起度過開心的時光也是事實。
當然，這些伙伴們并不包含皮卡丘。
喵喵被野蠻人們抬回去之后，其實就已經知道了事情的真相
原來云瑪瑪是個非常邪惡的擁有強大力量的寶可夢，它身上的智慧之石，是很早以前被遺留下來的神器之一，通過智慧之石，云瑪瑪成為了整個世界的統治者，并且做出非常邪惡而可怕的事情。
寶可夢們還有人類都生活得很凄慘。
后來一只上古喵喵寶可夢，偷走了它的智慧之石，并且聯合其他的寶可夢們一起粉碎了它。
智慧之石無法完全被毀滅，于是他們將其做成了6個不同的碎片，藏在一些重要的迷宮當中。
最后，大家齊心協力，將云瑪瑪引誘到了遺跡洞穴當中，通過上古留下來的電子監牢，將它困在了里面。
可是，在這個過程當中，上古喵喵也因為對抗云瑪瑪而犧牲了。
所以后來這個世界上的人們和寶可夢們，才將上古喵喵作為守護神來進行膜拜。
和平來到了世界上，持續了很多很多年，直到他們的到來。
皮卡丘和火箭隊，不但給當地的人們帶來了喵喵，同時也帶來了皮卡丘。
見到具有放電能力的皮卡丘，當地人將其視為不祥之兆，因為云瑪瑪就是具有放電能力的可怕存在。
而現在，皮卡丘將云瑪瑪放了出來，而且還幫助它拿回了智慧之石。
這個世界上，已經沒有人能夠對付它了
“可惡原來云瑪瑪才是最大的反派”
佐藤禮子憤恨地說。
上杉昇也是同樣的表情，只覺得自己幼小的內心受到了傷害。