司徒王允帶著漢獻帝劉協逃上宣平城門，躲避亂兵，李傕等在城門下伏地叩拜。劉協斥責李傕等人放縱士兵在長安城內行兇，意欲何為。
李傕等人表示自己不敢叛逆，但是董卓忠心朝廷卻被王允、呂布等人無端殺害，他們此舉就是為董卓報仇，事后任憑朝廷降罪。
王允勢窮力孤，被迫出來見了李傕。同年六月，李傕自任揚武將軍，郭汜為揚烈將軍，樊稠等人為中郎將。
起初，王允任命同郡人宋翼為左馮翊，王宏為右扶風。李傕等人想要誅殺王允，又恐二郡起兵反抗，于是便先征召宋翼和王宏入朝。
王宏派使者向宋翼表示，只因他們二人如今身在外郡，李傕等人材不敢加害王允，要是他們接受征召，恐怕明天就會遭到屠滅全族。
宋翼認為福禍難料，但是王命不可違抗。王宏提議既然董卓已經被誅，他的黨羽也不難制伏，現在關東義軍士氣沸騰，倘若起兵與關東義軍共同討伐李傕，則有可能轉禍為福。
但是宋翼沒有聽從，王宏亦不能獨立成事，兩人只能一同接受了征召。
初平三年（公元192年）六月初七，李傕逮捕并處死了王允和宋翼、王宏，以及王允妻子宗族在內的十余人，李傕還將王允曝尸于街市示眾，并去收斂董卓的尸骨，安葬在郿縣。
同年九月，李傕自任車騎將軍，封池陽侯，兼任司隸校尉，假節。郭汜任后將軍，封美陽侯；樊稠任右將軍，封萬年侯。李傕與郭汜、樊稠共掌朝政。
隴西將領韓遂、馬騰歸降朝廷，率領部屬來到長安。朝廷任命韓遂為鎮西將軍，駐守涼州；任命馬騰為征西將軍，駐扎郿縣。
興平元年（公元194年）二月，馬騰有私事求助李傕，李傕卻沒有幫忙。馬騰大怒，想要發兵攻打李傕。漢獻帝派出使者從中調解，馬騰不從。
韓遂率部來為馬騰和李傕調解，不久與馬騰聯合。侍中馬宇、諫議大夫種邵以及左中郎將劉范等人暗中謀劃，打算讓馬騰率軍突襲長安，他們在城中作內應，聯合消滅李傕等人。
就在馬騰進兵到長安北面長平觀時，馬宇等人的計劃泄露，倉皇出逃到槐里縣
樊稠率兵迎擊馬騰，馬騰戰敗，退回涼州。樊稠又乘勢向槐里進攻，殺死馬宇等人。
董卓剛死的時候，長安周圍的三輔地區還有幾十萬戶百姓，后來李傕等放縱士兵掠奪百姓，再加上饑荒，兩年之間，百姓逃亡，荒無人煙。
那時朝廷剛剛遷都長安，許多宮人都沒有衣服穿，漢獻帝劉協想要拿出一批朝廷的布料，賞賜給宮人及大臣等制衣，李傕不許。
漢獻帝于是詔令賣掉百余匹馬，御府大司農也拿出兩萬匹布，準備將這些錢和布匹送給公卿大臣以及貧民。
但是李傕卻以儲備不足為由，把這些東西全部搬到了自己的軍營中，據為己有。
興平二年（公元195年）正月，李傕、郭汜、樊稠三人因為爭功奪權，屢次想要互相攻擊。
賈詡規勸他們顧全大局，他們各自心里雖然不想和好，但還是在表面上相互容忍。
當初樊稠攻打馬騰、韓遂之時，李傕的侄子李利作戰不力，受到樊稠斥責。等到馬騰、韓遂敗走，樊稠追擊，韓遂向樊稠表示兩人所爭是王家之事，作為同鄉，理應和談。
于是雙方各自退軍，在陣前把臂交談，很久才分別。李利回去后稟報李傕，稱韓遂與樊稠曾在馬上長談，情意密切，李傕因此對樊稠生出疑心。
樊稠又想率兵往東出關，向李傕請求增加軍隊。同年二月，李傕便假借商議出兵之事請來樊稠，設計將他殺死，又吞并其部眾。此后，將士之間互相猜忌。
李傕時常在家中宴請郭汜，又常讓他留宿家中。郭汜的妻子擔心丈夫愛上李傕的婢妾，便開始想方設法離間二人。
適逢李傕派人送來食物，郭汜的妻子就把豆豉說成是毒藥，拿出來給郭汜看，還表示一個雞窩容納不下兩只公雞，郭汜不該完全信任李傕。
后來李傕再次宴請，郭汜喝得大醉，懷疑酒中有毒。此后李傕與郭汜兩人生出嫌隙，舉兵在長安城內互相攻擊。
漢獻帝派人為李傕和郭汜調解，二人沒有聽從。郭汜還計劃將漢獻帝迎入自己的軍營之中，夜里有人逃跑，向李傕告密。