凌云翼不是要全面反對王崇古，他是要清除積弊，讓官廠更好的發展，這份奏疏很長很長，在奏疏的開篇，凌云翼肯定了王崇古的貢獻。
萬歷初元，國勢凋敝，天下有危亡之象，文成公仰承圣謨，荷剪河山，興百工以實倉廩，創官廠而利民生，櫛風沐雨，十有又六載，肇基新政大業，廠舍鱗次，學堂弦誦，藥局施仁，水廠惠民，皆圣君洪福所庇，亦文成公夙夜匪懈之功也。
仁厚為懷，視匠如親的人情管理方式，更是‘篳路初創，維系人心之良方，襤褸啟業，興工利民之砥柱。’
而凌云翼認為，出現問題的原因也很簡單：
法久則弊生，情濫則綱弛，昔日凝聚啟業之良藥，今日宿弊沉疴之根由，人情過熾則流弊滋蔓，仁厚過重則綱紀疏馳。
官廠的問題主要為三弊：
冗員如附骨，虛耗公帑，坐蠧蝕柱，虛糜國財之弊一；
法例成具文，綱紀蕩然，威令不行，法例空懸之弊二；
奸猾總得計，勤懇蒙塵，是非顛倒，唯利是圖之弊三。
這官廠三弊，最終造成了‘越老實越吃虧，不占公家便宜就是虧’的共識，這種共識蔓延下去，并且不加改正，必然導致：
匠眾離心，利權旁落，朝廷之臂指漸失，巨萬之公帑虛擲；仍以溫情脈脈之舊規，馭星火燎原之新局，猶抱薪救火，養癰成患。
而面對這三弊，凌云翼和周良寅提出了三破三立：破人情，立規章；破食利，立精效；破朋黨，立公體；
三破三立的具體做法為：嚴考成，汰冗濫；明賞罰，肅綱紀；核成本，杜奢靡；興學堂，傳技藝；調吏員，避親眷；反貪腐，絕貪瀆。
三破三立洋洋灑灑數千言，對每一條進行了詳細的陳述，符合皇帝要求的‘現象、問題、原因、方案、復核’的信實分析法，并且給出了具體的‘何時、何地、何因、何事、何人、何做’的六何法。
什么時候、什么地方，因為什么、具體哪件事、由誰去做、會怎么做，這六何是考成法后，群臣上疏談到具體某件事要怎么改進時，必須要具備的六個元素。
如果連這六個基本元素都不具備，那這篇奏疏，就是缺乏恭順之心，糊弄陛下。
這考科舉，要寫八股文，這考完了科舉，都成了官選官的統治階級，還要寫官八股！張居正簡直是壞事做盡！
但張居正也無可奈何，只能走這種形式主義，因為他在官場這么多年，他知道好多官員上的奏疏，他們自己都沒看過。
這非常普遍，奏疏是筆桿子寫的，斧正校對是師爺做的，這當官的，連看都不用看。
主官不看，筆桿子和師爺就開始敷衍了事，在萬歷初年，有些奏疏，一篇不到二百字的短文，就有五六個錯別字，三四個語句不通順的地方。
信實分析法和六何法，這種官八股，就是逼官員把上奏的奏疏看一下。
何人、何時，代表著朝廷可以隨時對奏疏呈奏之事進行復查，一旦發現沒做，那朝廷會追責，如此之下，官員自然要對每一篇奏疏都仔細看一遍。
凌云翼、周良寅的《官廠厘革積弊疏》從凌云翼回京后就開始草擬，一直到六月初，才完成了初稿，每一件事都有具體的人去負責。
“準行。”朱翊鈞稍微猶豫了下，最終朱批了凌云翼的第二本奏疏，在皇帝看來，凌云翼這本奏疏，唯一有些問題的地方，就是他也在搞恩情敘事。