開始的時候真理教只是一個小團體，跟同盟軍的關系也不是刀劍相向的仇人，相反，雙方有一段持續時間很長的蜜月期。
成長期的真理教與當前的真理教在對待人與物的態度上截然不同，當年生存在廢土世界的人口比現在少很多，而且絕大多數人飽受輻射病的折磨，因為醫療資源沒有被整合起來，地區受到核爆影響的不均勻，一大部分人面對慢性死亡只能痛苦忍受。
這個時期的真理教祭司所起作用與西方基督教的神父類似，他們會用溫暖的語言撫慰病患，令其安然長眠或者以精神力量戰勝**上的痛苦。
同盟軍自然樂于同這樣的團體配合，以延續人類文明在這片廢土茍延殘喘。
然而隨著時間推移，真理教的發展壯大，事情開始偏離軌跡。
不知道從什么時候開始，真理教變成了一種信仰……走向極端的信仰。
部分擁有較強輻射抗性的廢土人取代老輩祭司，成為真理教的主導者，原本不怎么明晰的教義也隨之跑偏。
如果說真理教在成長初期的教義是救贖受難靈魂，撫慰病患充滿恐懼的心。那么發展壯大后的真理教教義就是------核子戰爭是神明對人類文明的一次試煉，只有經過病痛磨礪，戰勝挑戰的新人類才有資格活下去，成為廢土世界的主人（即新人類），那些否定真理教，拒絕認同真理教教義的人，則是阻礙歷史車輪滾滾向前的攔路石。對于這種攔路石，必須要碾碎，或者鏟除，人類文明才有可能涅槃重生。
真理教的祭司們就像一個個蜘蛛，在中原地區織出一張大網。
信徒們抱團“取暖”，在人多勢眾的情況下用冷暴力對待聚居地其他人，逼迫越來越多沒有立場與態度的人成為他們的一員。
在勢孤力單的環境中，祭司們則換成另一副嘴臉，要別人尊重他們的信仰，和平共處，進而一點點滲透，一點點感染……畢竟罹患輻射病的人不只身體羸弱，精神力同樣脆弱不堪，面對親友的放棄，病魔的侵襲，那些能夠給心靈帶來一絲慰藉的溫暖，是他們無論如何不舍放手的珍惜之物。
就是在這樣的方針下，真理教的力量像滾雪球一樣越來越大。
當同盟軍察覺老朋友變質，不再是原來的樣子時，局面已經失控。
與此同時，一支機器人軍團重創了同盟軍，原來的領袖犧牲，整個組織人心動蕩，士氣低迷。
就是在這個時候，真理教展露獠牙，拿出了一直積攢的軍事力量，開始以極端方式征服以宣傳、欺騙、誘惑手段無法征服的聚居地，與同盟軍徹底撕破臉，反目成仇。
自此之后，一正一邪兩大組織在中原地區展開了長達多年的對抗。
因為同盟軍行事有底線，有原則，有正義感，一般情況下即使不滿濟城、鳶城、大東北經合組織之流為了權貴利益殘害民眾利益，但是考慮到大局，保護初步形成的社會秩序不崩潰，回歸以前的野蠻時代，他們的態度與行為相對溫和。
真理教不同，如果給那些人找一個貼切的形容詞，那便是“瘟疫”。
一旦同盟軍敗北，真理教的邪火必然橫掃宇內，為當前大陸格局帶來結構性改變。
無論是濟城、寶石城、建康市、21區，還是北方的大東北經合組織，西北方的西方聯盟，東南邊的江南鐵路總工會，西南邊的廈航集團與炎黃兄弟會都不愿意看到這樣一幕。
故而許多勢力都會以私密、半公開，及其他復雜方式（比如半商業化交易）為同盟軍提供軍事物資和生活物資。
那些勢力之所以用這種“含蓄”方式支援同盟軍，主要是害怕真理教的報復。
雖說西方聯盟、炎黃兄弟會、21區、大東北經合組織……這些勢力都比真理教強大，卻也不愿意直面瘋子。
畢竟有同盟軍這頭猛虎在，就讓它跟惡狼斗唄。
數年前夏啟明為同盟軍供應了一批軍火，消息被真理教得知后，愣是派人進入半島地區，擄走了夏新。
而現在夏新又被同盟軍的人救出，還拐了同盟軍兩個妞兒回來。
另一方面，熊貓人軍團的唐副團長做的更加過分，別的勢力都是偷偷摸摸給同盟軍送東西，他倒好，大張旗鼓地贈送再生針劑，還當眾許諾一批海魚罐頭，好像生怕真理會不知道。
如今可好，這件事被回連才、柴曉農利用，搞出了一個反唐集團。