在東京市千代田區一條街的某東別墅里，小智坐在陽臺沙發上，遙望著夜晚的美麗景色。
自從特殊副本開啟后，小智就在十分鐘后，被系統強制性的穿越到了這個叫做名偵探柯南的副本里。
在小智穿越的那一刻，神奇寶貝世界的時間，仿佛被凍結了一樣，所有的生命全都靜止了起來，就連沉睡中的阿爾宙斯也是一樣。
名偵探柯南，小智在前世的時候看過一點，也知道一些劇情，只是沒有追的那么細，主要的內容就是一個叫做工藤新一的高中生，在關東地區被稱作平成年代的福爾摩斯，號稱沒有他破不了的案子。
后來在一次和青梅竹馬在游樂園乘坐云霄飛車的時候，發現了兩個行動詭異的黑衣男子，于是便甩開青梅竹馬的毛利蘭追了上去，不料卻被對方發現。
在被打昏的那一刻，被黑衣男子灌下了一種叫做atx4869的神秘毒藥，然而工藤新一在被灌下毒藥后，并沒有因此而死，反而因為毒藥的副作用，讓身體返回到了小孩的狀態。
為了不使周圍的人受到牽連，他便化作江戶川柯南，寄住在青梅竹馬的毛利蘭家里，利用阿笠博士發明
的手表型麻醉槍讓毛利蘭的父親毛利小五郎沉睡，接著用蝴蝶結變聲器模仿毛利小五郎的聲音進行推理。
在利用偵探毛利小五郎解決各種案件的同時，江戶川柯南也在調查著讓他身體變小的黑衣人。
這些就是名偵探柯南的大概劇情，小智穿越的時間點是劇情開始的前三年，這點小智已經在系統哪里確認過了。
而且小智還發現，他的實力受到了極大的限制，各種忍術無法使用，神之眼被封印，只留下了三勾玉寫輪眼，體術擁有上忍的等級。
好在這個世界的武力值并不是很高，憑借小智如今的能力，依舊可以在這里肆無忌憚。
在穿越后，小智替代了原本在這個世界的分身，名字依舊是叫御木葉智，從孤兒院出來的，這點讓小智很是無語，貌似每次穿越取代的分身都是孤兒。
因為知道這個世界的主線是破案，所以小智開了一家御木偵探事務所，專門處理各種案件，三年里，小智破過的案件有很多，知名度也相當的大。
在關東地區也算是小有名氣了，知名度和工藤新一差不多，都是被稱為現代破案率最高的偵探，只不過比起工藤新一，選擇小智的人要更多。
畢竟小智的偵探事務所是正規的，大部分的人選擇
偵探破案的話，自然會選擇小智的正規事務所，而工藤新一主要是幫助警方破案，所以才會被記者挖掘出來。
三年中，小智也曾幫助過警方破過幾起大案，所以在警方眼里，小智是他們的合作者，每次破案是有偵探費的。
小智居住的地方和阿笠博士還有工藤新一的家是一條街上的，所以平時也能見上一兩次，只不過小智從未接觸過工藤新一，哪怕他是這個世界的主角。
對于工藤新一這個人，小智并不喜歡，但也不算討厭，只是他和工藤新一的善惡觀念或許有所不同。
在工藤新一的眼里，只要是犯罪者，就都要被法律制裁，而在小智的眼里，犯罪者也分好壞，主要還是根據他們的動機是否值得原諒，而這也是小智和工藤新一完全不一樣的地方。
所以小智和柯南注定會處在對立面，而這個對立的程度，就要看雙方怎么應對各自的布局了。
就在小智觀賞夜景的時候，天空卻不作美的下起了小雨，好在小智家的陽臺是有遮雨棚的，不然可就沒辦法繼續觀賞這么美麗的景色了。
“應該快了吧。”看到下起小雨后，小智便朝著他家陽臺的一條街看去，根據系統的計算，今晚是劇情
開始的時候。
果然，沒過多久，一個小孩穿著與身材不符的衣服，朝著一棟房子飛奔而去，這個小孩就是工藤新一被黑衣人灌下藥物之后，因為副作用而變小的江戶川柯南。
“哼，就讓我看看你能給我帶來多少樂趣吧，工藤不，現在應該稱呼你為，江戶川柯南了。”看著那名小孩跟著大胖子阿笠博士進入了房子，小智頓時冷笑一聲放下了手中的咖啡杯，回到了家中。
第二天晚上，小智接到了一個案子，一名大富豪的女兒被綁架了，希望小智能夠出面找出來，看到這個案子，小智就想到了昨晚看到過的柯南。
這個副本的部分劇情，小智還是勉強能夠記得，這個案子好像正好是工藤新一變成柯南之后第一個偵破的案件。
想到這里，小智受理了這個案件，并且立刻開著車朝著和雇主約定的地方趕去。
某東豪宅內，小智坐在了雇主的面前，一旁的還有同樣被雇傭而來的毛利小五郎以及他的女兒毛利蘭，還有昨晚看到過的柯南。
“被綁架的小孩，是我的女兒谷晶子，今年只有十歲，我的管家麻生曾經親眼看到過犯人。”
“今日請兩位偵探前來，就是希望能夠幫助我找回我的女兒，偵探費方面請不用擔心，只要能夠找回我的女兒，我都會給你們奉上一大筆的偵探費。”