興平二年（公元195年），李傕殺樊稠而與郭汜在長安城中各自擁兵相攻。劉協派尚書、侍中去為李、郭二人和解，二人不從。為了爭得政治上的主動權，郭汜陰謀將劉協劫持到自己的軍營，不料未等郭汜下手，消息已經走漏，李傕搶在前面，派兵將劉協、皇后、宮人及大臣們劫去。
李傕、郭汜相攻數月，死者萬數，長安城幾乎變成一片廢墟。不久，獻帝在原李傕部將楊奉、牛輔部曲董承等的護衛下，擺脫了李、郭的控制，逃往弘農，進駐安邑。又輾轉東行。
建安元年（公元196年），時任兗州刺史的曹操迎接劉協入駐洛陽。劉協賜曹操節鉞，標志著了曹操“奉天子以令不臣”的時代開始了。隨后曹操脅迫劉協遷都到許，改稱許都。但劉協依然是一個沒有實權的皇帝。曹操雖然利用劉協來試圖實現他統一中國的目的，卻不敢直接取代他而自立為皇帝。
這時中原地區袁紹和曹操兩大勢力正進行著頻繁的政治和軍事斗爭。孫策占據了江東，劉表占據了荊州，劉璋割據益州，涼州為韓遂、馬騰占有，公孫度盤踞遼東。劉協東還，無疑是一面可利用的旗幟。曹操搶先率軍進駐洛陽，取得了“挾天子以令諸侯”的地位。接著，他挾持劉協遷都許縣。
建安五年（公元200年），劉協不滿曹操大權獨攬，不甘心作為傀儡，乃暗下衣帶詔，令董貴人的父親車騎將軍董承設法誅殺曹操。董承遂與左將軍劉備、長水校尉種輯、將軍吳子蘭、王子服等一起密謀，結果事情敗露，董承等人都被曹操誅殺，懷孕的董貴人也被絞殺。
伏皇后畏懼曹操，于是寫信給她的父親伏完，盡數曹操殘暴不仁之事，希望伏完能夠效仿董承，鏟除權臣，但伏完始終未敢行動。
建安十九年（公元214年），伏皇后要求其父伏完誅殺曹操的密謀敗露，曹操要挾獻帝廢黜伏皇后，并代獻帝寫好了廢黜伏皇后的詔書。
接著，派御史大夫郗慮拿著詔書，同尚書令華歆一起帶兵包圍皇宮搜捕皇后。伏皇后藏到宮中的夾墻里，被華歆拖出。
伏皇后披頭散發赤腳走出，向劉協哭訴求救，劉協無奈地說：“朕也不知道自己的生命什么時候結束！”回過頭來對郗慮說：“郗公！天下有這道理嗎？”伏皇后被幽閉而死，劉協與她所生的兩位皇子亦以毒酒毒殺，伏氏宗族百余人被處死。
建安二十年（公元215年），曹操威逼劉協立其女曹節為皇后。
延康元年（公元220年），魏王曹操去世后，世子曹丕繼位。其時，雖然有孫權、劉備的不斷犯邊，但基本不成氣候，中原腹地的和平已成定局。除舊布新，建立新朝，已經是人心所向。各種力量都在推動曹丕采取行動。那些曹氏部屬也在設想著如何彈冠相慶，如何分新朝一杯羹。于是便有小臣去逼去勸漢獻帝效唐虞舊例，把帝位禪讓給魏王。“率我唐典，敬遜爾位”，公元220年12月10***迫劉協禪讓帝位給他，劉協告祭祖廟，使張音奏璽綬詔冊，禪位于曹丕。曹丕在繁陽亭登上受禪壇，接受玉璽，即皇帝位。