這樣做帶來的問題當然很大：對上來說，多部門都可以收取賦稅，導致內部管理混亂，真要國家有事的時候，不管錢財再多，國家的力量都發揮不出來。而對下呢，百姓承擔了過重的稅賦，導致社會消費受到抑制，進而生產受到抑制，然后一方面是讓社會始終處于低水平發展。另一方面則容易讓老百姓對風險沒有什么抵抗力，一不注意就會破產——由此，國家抗風險的能力也極低。
這個時代真正憂國憂民的精英們不是沒有看到這里面的問題。也提出了解決辦法：比如一條鞭法。
但是人性是這樣的：以前沒有這筆錢，現在有了，我高興。以前我有這筆錢，現在不準我收了，那就要跳起來！大明朝運轉了兩百多年，各個部門早就習慣了自己有自己的小金庫，你說不收就不收？
所以，這些年來，自從政治強人張居正死了之后，一條鞭法其實已經開始漸漸的廢弛了。大明十幾二十個部門，又開始拼命的自己掙錢！
比如說，我們經常聽到的太倉庫。那其實不是大明的中央銀庫。而是燕京戶部存放銀兩的倉庫。與之對應的，太仆寺有自己的常盈庫，工部有自己的節慎庫。此外光祿寺、南京戶部等，都有自己的銀庫——燕京戶部想從這些銀庫里撥錢出來，那是根本不可能的。
外廷如此了，內廷自然有樣學樣。大內二十四衙門，幾乎稍有實權的部門都想辦法生發，然后建立自己的倉庫。比如內承運庫、廣惠庫、東裕庫等等……燕京戶部對外廷的諸多倉庫都指揮不動，對內廷當然是想都不要想。
1592年，當時的宛平縣令在自己的日記里吐槽道：本縣今年收取的稅糧、稅銀、土特產等，按照國家的要求，要分別送進二十七個倉庫！可是這點東西一共折合銀子多少呢？不到兩千兩！這位縣令無奈的哀嘆：宛平已經是天子腳下的縣城了，但是由于需要輸送的倉庫太多，這路上的損耗也相當驚人。若是那些邊遠地區的縣城，如此荒唐的運輸，其損耗又是多少呢？（沈榜，《宛署雜記》）
所以，如此多的部門都在收錢、存錢、建庫。給國家帶來的危害就不必多說了。那么現在問題來了：除了戶部的銀庫要負責國家官員、軍隊的俸祿，賑濟災民什么的之外。其他部門的錢都花到哪里了呢？
兵部還是要去弄戰馬的，但是這戰馬的質量……哎，馬稅還是收得太少了。皇上，為了國家的長治久安，要么你增加馬稅，要么你讓戶部給我們補貼。
工部還是要去修筑各種諸如防河大堤之類的公共工程的，皇家的林園、先帝的陵寢什么的也該工部負責。但是呢，如果是大內派出宦官來監工，那工部就會百般叫窮，說咱們的節慎庫已經干了拿不出錢來——然后工部的官員會百般的挑動監工的宦官：公公，戶部掌管國家財政啊，你應該去給皇上說，叫戶部出點錢！
總之，收錢的時候這個事情是我負責，出錢的時候大家異口同聲：找戶部！
至于剩下的錢，部門福利，官員貪污，又或者，給商人們放貸收利息啥的唄。
總之，這個時代的大明朝戶部尚書說起來叫“地官”，負責出產萬物。實際上是六部尚書里活得最憋屈的那個。