但該教旨卻被柳永慶及承政院的柳黨官員秘而不宣，大北派官員司憲府掌令柳慶宗在得知后上疏彈劾，宣祖只將史官罷職，卻沒有波及柳永慶。
接著柳慶宗又聯合司諫宋錫慶彈劾御醫許浚失職之罪，并要求追究柳永慶的責任，結果兩人反被宣祖罷官。
萬歷三十六年（1608）正月，已經辭官返鄉的大北派士大夫鄭仁弘上疏彈劾柳永慶隱匿教旨之罪，并質問宣祖為何使世子陷于“不測之地”。
此上疏可謂一石激起千層浪，柳黨紛紛彈劾鄭仁弘，宣祖亦為之震怒，下旨斥責鄭仁弘不忠，并特別強調光海君未經明朝冊封，不是正牌的世子。
鄭仁弘及被視為幕后人物的大北派巨頭李爾瞻、李慶全等都被流放，光海君問安時都被宣祖呵斥：“你怎么自稱世子來問安呢？你只是臨時封的，不要再來了！”光海君甚至因此吐血。
就在光海君幾乎羽翼盡失、地位不保之際，宣祖于當年二月初一突然升遐。
這使光海君面臨的危機瞬間化解，他在次日即位于貞陵洞行宮西廳，馬上就收拾柳永慶一派，賜死柳永慶、金大來，并流放、罷斥多人，暫時坐穩了王位。
光海君除了肅清“柳黨”，還有處理兄長臨海君的問題。
光海君即位十多天后，司憲府掌令尹讓等便告發臨海君蓄養死士和武器，圖謀不軌。隨即臨海君被逮捕，并流放喬桐島。
這時，光海君以權署國事的名義，派李好閔等赴明朝請封。
但明朝堅持認為光海君的合法性不足，要派遣官員去朝鮮調查，李好閔則辯解說臨海君已中風，無法繼承王位，明朝禮部又要求提供臨海君讓賢的奏文。
萬歷三十六年（1608）六月，明朝果然派遣遼東都司嚴一魁、自在州知府萬愛民進入朝鮮展開調查。
這兩個官僚非常愛錢，光海君便準備了數萬兩白銀賄賂他們，同時讓他的表叔金禮直強迫臨海君向明朝欽差回答預定的內容。
嚴一魁等按套路到喬桐向臨海君問話，完成使命后返回中國，稱臨海君果真有病不能繼承王位。
明朝到一年后才派遣太監劉用出使朝鮮，正式冊封光海君為朝鮮國王。
而在此一個月之前，臨海君已在其流放地喬桐島被當地守將李廷彪縊死，光海君對胞兄的死表示震驚悲痛，但并未真正處罰李廷彪。
光海君雖然將宣祖去世前因力挺他而被流放的李爾瞻、鄭仁弘等人官復原職，但也未專用大北派，而是任命南人李元翼為領議政，并起用李恒福、李德馨、尹根壽等各派別中有名望的人士，同時重用鄭昌衍、柳希奮等外戚，而大北派巨頭李爾瞻在光海君初年只是司諫，后又外放義州府尹；鄭仁弘也只是司憲府大司憲。
所以光海君初年的政府是一個超越黨派的聯合政府。
但是很快光海君就與大臣們發生矛盾，光海君為了提高自身地位，要把生母恭嬪金氏追尊為王后，群臣大多反對，還是沒拗過光海君，于萬歷三十八年（1610）將恭嬪金氏追謚為恭圣王后。
大北派利用光海君急于鞏固政權的心理，興風作浪，排擠其他黨派。