但即便如此，因攻城軍隊集中為肅州營，實際損失異常慘重。
戰前四名將領，胡志深率八百人、米剌印部九百多人、丁國棟部八百人、蜂尾針部五百人，總額三千。
戰后胡志深部七百、米剌印部六百、丁國棟部四百余人，蜂尾針部四百，總額兩千一百，其中還有近半傷兵，且丁國棟的十名百總僅剩一人。
慘烈的戰事需要有更高的封賞，因此劉承宗除了兌現戰前對肅州營的承諾，為全營將士劃分土地、賞賜三個先登百總部戰馬、牲口，還從虎賁營臨時組建了一支精于計算的百總隊。
由他們將城內繳獲金銀銅幣之外的所有戰利品加以統計、定價，分成四份，一份留在中軍、一份依照軍功發給肅州營、一份作為陣亡撫恤，最后一份作為特別獎賞，發給作戰中表現格外優異的軍官與士兵。
繳獲的金銀銅幣價值白銀一千四百余兩白銀，劉承宗將這筆錢同樣用于賞賜，依照一畝地一兩白銀的價格，向肅州營存活下來但不愿要田地賞賜的士兵回購每人三畝的土地。
至于陣亡士兵，則派人向其留在肅州的家眷詢問，是要土地還是要白銀，要土地由肅州衛指揮使宋賢分配，要白銀也同樣由肅州衛支出。
經此一戰，肅州營雖然受損頗大，但存活下來的士兵
在甲械上都有了質的飛躍，他們幾乎每人都分得鎧甲，絕大多數士兵也有了坐騎，劉承宗又從虎賁營調了兩個百總隊的士兵進去，充任低級軍官，徹底掌握了肅州營。
現在肅州營缺少的只是補充一批士兵，恢復滿編狀態。
盡管高臺有不少俘虜，但劉承宗并沒有難為這批俘虜，經過查驗身份，往肅州放了九十三名軍官，讓赤斤衛指揮使康良輔派兵送到海北。
普通士兵受傷的給予醫治，該用藥用藥、該縫針縫針，不方便行動的就先留在高臺，歸臨時工匠營千總殷如岳安置。
殷如岳原本是高臺千戶所的儒學武生，眼下對元帥府來說鎮夷、高臺兩地失去了設置千戶所的意義。
因此劉承宗整合兩地改為高臺縣，殷如岳做了元帥府高臺第一任知縣，負責高臺百姓民居的重建工作，一不能耽誤秋收，二是就算挖地窩子，也要趕在上凍之前完成民居重建工作。
至于沒受傷的逃兵和俘虜，劉承宗則讓韓世盤征求了他們自己的意愿，愿意加入元帥軍，就先跟著軍隊等待分配，愿意回家，則解除兵甲放回甘州。
最后留下二百多個愿意加入元帥府的，劉承宗也沒把他們編進肅州營，另外立了個甘州營的架子，暫時跟在虎賁營后邊行動。
這幫人跟肅州營在高臺城血戰，編進肅州營準沒好下場，給肅州營補充兵力的事，落到了早前在肅州收降超編的魏遷兒頭上，從他那調了九百人并入肅州營。
現在最亂的其實是甘州。
高臺是小地方，打得慘烈，但戰爭波及范圍很小；甘州是大地方，打得混亂，波及的范圍也更廣，高臺打到這會，東邊送來甘州的戰報、塘報、書信已經超過了八百封，情況在劉獅子眼中才漸漸明朗。