此時外太空的大戰早已結束，星球上的黑云再次像王宇他們初來乍到時一樣無蹤無影。
在王宇看不到的深海之下，亞特蘭蒂斯文明的數百座城市早已成為海底廢墟，不留一處避難所……
在廢墟之上的海洋里還有數萬臺機甲戰士巡弋著，搜尋可能存在的幸存者，并將其擊斃。
“第47機甲中隊報告，沒有發現幸存者。”
“第13機甲中隊報告，C區域搜索完畢，沒有發現幸存者。”
“第689機甲中隊報告，城市下方發現疑似避難所的氣室，但里面除了尸體什么也沒留下來。”
“嗯，應該是被洛倫斯之耀的附加輻射殺死了，這片區域沒有幸存者了，搜索其它地方。”
游弋在海底的圣殿機甲群來回掃描著可能藏匿幸存者的地形，但收獲甚微。
如果王宇能聽到這些部隊間的通訊，就會發現他們很奇怪……他們對自己犯下的屠殺罪孽毫無感覺，交流之間不帶任何感情。
與正常人相比，他們更似一群包著人類外皮的機器人！
也許是艦隊的飽和式轟炸及其突然的時機，幸存者幾乎沒有。
機甲部隊也找到不少地下隧道與疑似避難所的氣室，但都沒有發現里面有人。
“全部聽令，沒有發現幸存者，返航！”
最終，指揮官在反復搜索后，下令返航回艦隊。
幾個小時后，與異形戰斗中吃了不小虧的圣殿艦隊在回收深入海洋的機甲部隊后，終于啟程返航了。
徒留一個滿目瘡痍的“宜居星球”……
然而圣殿艦隊沒有發現的是，亞特蘭蒂斯人經營這顆星球千年之久，怎么可能沒有點自己的東西呢？
……
早在王宇等人的科考艦隊抵達外層空間時，他們安放在水面上的天眼就已經看到了，于是事先便預備啟動了“種子計劃”。
即武力抵抗與外交談判雙失敗后，利用他們貫穿全球海底的海底礦洞，將其抽空海水改造為一個個避難所等待梅菲斯特的降臨毀滅，能使他們留下文明的火種。
一開始誤以為外交勝利的他們，暫緩了種子計劃，然而至高拉達突然而至的警報將亞特蘭蒂斯高層從夢中驚醒，還在笑望外太空艦隊與異形廝殺的他們無不一臉懵逼……
還沒來得及轉移他們的“種子”，外太空的那道綠色光束便穿透大氣層，降臨在淺海地區……其造成的沖擊之力甚至“掀開”了距離落點最近城市的天穹系統。
300萬人還沒來得及逃進避難所便窒息在深海之中。
重新啟動的種子計劃剛剛開始，第二發來自地獄的幽光便降臨在首都亞特蘭蒂斯市附近。
接踵而至的便是太空艦隊各級主炮的連番轟炸，一個個亞特蘭蒂斯城市在轟炸中毀滅，無數活生生的人類沒有死在異形之下，反而喪命于自己的同胞之手。
然而，就算圣殿機甲部隊的搜索在怎么嚴謹，也總有“漏網之魚”……
距離首都亞特蘭蒂斯市西南方向三百公里的一處原海底礦洞內，一群幸存者正瑟瑟發抖的躲在被改裝為避難所的一個個小型房間里，等待命運的審判。
“咚咚！咔！”
“啊啊啊……”
“不要吵！小聲一點！”
每一次發生震動或者大的聲響，都會在這個狹小的避難所里引發一聲聲低吟的尖叫聲。
他們很害怕，甚至都不知道外面是什么東西在獵殺他們……因為他們只是一群9到18歲的孩子。
當時只聽到尖銳的防空警報聲響，他們便被自己的家長、老師、大街上巡邏的軍隊抓進了一輛大巴，然后進入了他們以前從未使用過的避難所。