例如第一批游弋者一開始就并沒有被入侵成功，因為細胞膜太厚了。只是游弋者將自己貼近已經死去的簇群，準備接受信息時才涼涼。
這個問題使得噬菌體開始了進化，它有自我意識，當然不會慢慢等下去，而是發現問題后便立即主動變異，優化自己的進攻方式。
于是就有了第二種進攻方式。
第二種簡單來說就是偽裝自己。通過把自己偽裝成良民，從而欺騙了細胞膜上的‘海關’，然后一進了細胞內部就掀開偽裝，做回自己。
畢竟這就是一坨蛋白質，在細胞外沒有任何生命活動跡象，你很難將其定義為有害。而蛋白質這種東西，那就是營養物質啊。（細胞膜上有很多識別蛋白，識別確定是有利的蛋白質大分子，便會胞吞讓蛋白質進入。而早期原核生物的細胞膜也有類似的，但更加簡陋的識別外部物質的機制）
細胞膜上的識別蛋白：這是大大的良民
細胞內部的內部DNA：就是你小子把病毒帶進來噠？
顯然偽裝的進攻方式更有效，在第二批游弋者剛剛踏入‘死亡海域’時，便被入侵了，但是這些入侵成功的噬菌體進入游弋者的體內后便發現——自己來錯地方了。
這確實還是一個細胞，但這個奇怪的細胞內部竟然還有一個細胞膜，甚至內部的那個細胞膜是拒絕一切外部物質的，上面連識別蛋白都沒有，直接就禁止了一切花里胡哨。
或者應該找個有突刺的噬菌體來試試，但有突刺的那個連最外面的膜都穿不透，更別提穿透第二層了。
古菌，好巧不巧的，讓自己從一個簡單的原核生物，邁出了走向真核生物的一大步。
這不是巧了么？
只可惜，除了改良后的游弋者，古菌的本體，或者說絕大多數的本體，都只是簡單的簇群細胞。
完全沒有應對噬菌體的手段。
而改良后的游弋者又是一次性的產物，雖然這種改良能夠完美阻絕噬菌體的侵害，但同時也喪失了活下去的可能。
這完全是同歸于盡的打法。
古菌可不想同歸于盡，它還沒活夠呢。
總結了噬菌體的進攻方式后，古菌便準備在改良過的游弋者基礎上，繼續改良演化。
首先是內膜結構，在對抗外部入侵時成效顯著。
細胞最外面的膜不可能禁止一切物質交換，畢竟還是要恰飯的嘛。
但內膜便不一樣了，古菌想了想，決定將細胞內最為重要的核酸聚合起來，用一個更堅固的內膜包裹住，而其他的細胞器，則放在內膜與外膜的中間，也用一個個膜包裹住，并在這些膜上設定只讓單一物質進入的識別蛋白，這樣，哪怕一個細胞器被入侵了，整個細胞也會瞬間警覺，啟動應急自救機制，摧毀入侵者。
而這個應急自救機制，古菌想了想，不如演化出一種專門釋放大量酶的細胞器，在發現有入侵者后，立即啟動，在細胞內釋放大量的酶，利用這些酶來分解掉入侵者。
顯然，這么多的酶在細胞內釋放就是自殺行為。
但只有能殺死入侵者，就能保護其他的細胞免受入侵，這對古菌而言并不虧。
古菌因為發現了噬菌體的存在，開始從原核生物朝著真核生物的形態邁進，這是生命演化史上的一大步。