其一是南都六宗。日本在建造京都之前，是以大和國的奈良盆地為根基，今人又稱為南都。
寺院以興福寺，東大寺等南都七大寺為首，最昌盛時候，寺院尼兵被稱為奈良法師，舉足輕重。
如今的南都六宗早不如昔日。法相宗甚至帶著興福寺投靠高野山真言宗，尋求庇護。
其二，是禪宗三派。
三派中以臨濟宗最昌盛，長期擔任幕府的尼官制度之領袖，為教派謀取了許多好處。
鐮倉幕府時期，幕府建立了鐮倉五山。室町幕府時期，足利將軍仿造鐮倉五山，在山城國建立京都五山，視為禪宗興旺的標志。
只是現如今，禪宗三派也大不如前，少有涉及俗世糾紛。
其三，就是日本佛教中，參與世俗最深的平安兩宗。
平安兩宗是在天皇朝廷的平安時期進入日本的佛教兩宗，指的是天臺宗與真言宗。
天臺宗本山在比叡山延歷寺，當年昌盛時候的山法師與南都六宗的奈良法師并稱，是佛教武裝力量的代表。
之后天臺宗出了兩個圣人，其一是日蓮，創立日蓮法華宗。其二是法然，創立日本凈土宗。
天臺宗尊法華經，教義受唐代佛教影響，佛法高深，晦澀難懂。
之后宋代佛教的平民化思想泛濫，影響了新一代的天臺宗尼姑，這才出現了日蓮與法然。
她們的思想都是用簡單明了的佛理教化信徒，讓佛教得以大規模的傳播，而不是少數上層貴族的游戲。
天臺宗也被稱為法華宗，可日蓮宗后來居上，引起本山畏懼。天臺宗竟然借機屠戮日蓮宗本院，導致日蓮宗衰敗。
從此，日蓮宗稱自己為法華宗，而天臺宗也無顏再自稱法華宗了。
法然一脈的凈土宗卻是早有鳥瞰，遠離京都，在關東平原拓展了自己的信仰，成為日本宋代佛教影響的主要流派。
法然的一名弟子親鸞，比凈土宗走得更加極端，創立凈土真宗，也就是一向宗。
親鸞被凈土宗排斥出關東，又在京都被佛教諸派詆毀。最后，她被流放去了北陸道，使得北陸道成為一向宗影響力最大的地方。
一向宗，日蓮宗，凈土宗，三宗皆是在鐮倉時代吸取宋代佛教，走平民化路線的佛教宗派，人數眾多，根基扎實。
特別是一向宗，在八代法主建立坊官制度后，組織力是佛教各派中最強的，堪稱尼姑大名。
原本勢力強盛的日蓮宗，被天臺宗滅了本院，再也壓不過同樣走底層路線的一向宗。只能退入商町在商人工匠中傳播，茍延殘喘。
而遠走關東鐮倉的凈土宗，卻是一家獨大，漸漸成了關東第一宗派。
天臺宗分出這三宗后，元氣大傷。但宗派底子厚，與幕府交好，走親善武家的上層路線。
平安二宗的另一支，真言宗。
雖然已經分裂成和歌山與高野山新舊兩派，但舊派也吸收了南都的法相宗，控制了興福寺為首的奈良古地。
平安二宗以及分支諸宗，深入參與世俗斗爭，影響力越來越強。而南都六宗與禪宗三派越發式微，漸漸成了低調的吉祥物。
如今天下，九州，西國，四國等地，南蠻教的勢力增長極快。
在近幾，一向宗盤踞石山，抵御南蠻教。南都被真言宗把持，對京都幕府最有影響力的是天臺宗。