前面的內容和第一部電影差不多，但第二部就開始有了一定的改變，一步步出現了一些不一樣的情節作為伏筆，等待最后揭開真正的‘真相’——人類所謂的被機器人做成生體電池之類的完全是胡說八道！
這部內持有的觀點和《終結者》完全不一樣。
通常意義來講，即便是人工智能，也很難擁有自己的意識而背叛，即便擁有擬人化的情緒，他們擁有的只是人類編寫的感情模擬程序。
而且即便是產生了朦朧的意識，人類也完全可以設置一些后門，來對這些異常的意識進行清除，所以想要讓機器人擁有感情反抗人類幾乎不可能。
《黑客帝國》真正的歷史，是人類在完善了vr和虛擬現實之后，虛擬現實直接聯系了整個社會，使得人們可以足不出戶就能夠工作和生活。
伴隨著時間的推移，依靠著虛擬現實，直接通過大腦來感知信號的人類漸漸沉浸在虛擬的世界之中，享受著他們所希望擁有的一切。
哪怕是生孩子這種事情，在虛擬世界里也不再是痛苦。她們可以盡情的和自己喜歡的男人交往，需要的話，機器會自動提取雙方的遺傳信息進行結合，然后直接培育出嬰兒。
而嬰兒在培育出來之后，也會被連入“母體”，與他的父母一起生活。人們足不出戶就可以獲得他們想要的一切。哪怕是遠在千里之外的父母，也可以和一個同樣遠在千里之外的孩子生活在一起。
這樣的生存方式消耗極小，資源都是可以循環再生的，唯一的問題不過是要稍稍控制人口，這不過是技術問題。
但是美好的夢境也成為了束縛人類的牢籠，因為沒有了現實的需求，人類的科技進步開始變得緩慢。
當然，對于許多的人類來說，這并不是什么大不了的事情。
只是發生了一件事情，卻讓事情發生了改變，那就是太陽提前進入了衰竭期，導致整個太陽系都有可能面臨滅頂之災。
而這個時候的地球并沒有足夠的科技儲備來應對這些，對于外星的探索不足，因此人類不得不倉促的選擇離開地球，尋找另外一顆適合居住的星球。
他們最終選擇建造一支移民艦隊，帶著所有人離開地球，去尋找全新的家園。
根據科學家們的預計，因為宇宙航行技術相對落后，他們想要在銀河系里尋找到另外一顆適合人類居住的星球，還需要花費漫長的時間流浪尋找。
而在離開地球之后，地球聯合委員會對歷史以及文明進行了反思，認為人類太過于依賴虛擬現實技術，以至于其他方面的科技落后，才導致人類陷入了現在的困境。
所以他們決心利用虛擬現實技術重新讓人類“全面發展”。
歷史能夠證明，只有在有需求的時候，相應的科學技術才能夠得到更加快速的發展，人們經過研究，在“母體”里分成數個不同的‘世界’。
每一個世界設置了不同的社會環境，制造各種“危機”，來促使人類對各個方向的科技進行研究。
而在這期間，地球艦隊將會一直在宇宙中漂浮，尋找適合居住的星球，維持人類生存的營養液，完全可以通過艦隊內部自動養殖的作物進行融合制造來完成。
得益于原本人工智能的發展，艦隊會自動尋找礦藏豐富的星球，讓機器去采集資源，對艦隊本身的保養和維修，甚至需要的時候，可以建造全新的宇宙飛船。
同時艦隊上也有相應的實驗室，人們在虛擬現實中進行的科學研究會在這些實驗室內真正的復盤，從而促進科學全面發展，《黑客帝國》的出現才是一個意外。