與前任兵部尚書的呆滯木訥之狀迥然不同，因此崇禎帝每次召見他的時間都遠遠超過規定時間，對他幾乎言聽計從，甚至驚嘆：“用卿恨晚！”
楊嗣昌蒞任前的崇禎九年（1636年）七月，孫傳庭在黑水峪大破起義軍，生擒高迎祥，局面有所好轉。楊嗣昌在守制時關心時局，因此在出任兵部尚書后就已對明朝的未來有了詳細的規劃。
他對明朝未來的規劃可歸納為三點：一、攘外必先安內；二，足食然后足兵；三、保民方能蕩寇。其對策主要集中于前兩點。
對于第一點，他認為天下大勢好比人的身體，京師是頭腦，宣、薊諸鎮是肩臂，黃河以南、大江以北的中原之地是腹心。
如今形勢是烽火出現于肩臂之外，乘之甚急；流寇禍亂于腹心之內，中之甚深。
外患固然不可圖緩，內憂更不能忽視，因為它流毒于腹心，如果聽任“腹心流毒，臟腑潰癰，精血日就枯干”，徒有肩臂又有何用呢？所以他主張先與劉元昭這邊和談，穩住京師附近的局勢，專心致志、一鼓作氣的剿滅農民軍。
對于第二點，他建議增兵十二萬，其中步兵七萬四千人，馬兵三萬六千人，并增加餉銀二百八十萬兩，采取均輸、溢地、寄監學生事例、驛遞四個途徑。于是崇禎帝在他的建議下先后向民眾加派剿餉和練餉。
之前崇禎手中還有些錢，但是經過剿匪一事，花的不多了，而且滿清被滅，他又少了一大筆收入，不得已只能增派遼餉。
至于之前文武百官士紳富商踴躍捐贈的局面，在劉元昭領兵撤退之后，就沒再出現了。
楊嗣昌所提的三點綱領，都是為了實現他“四正六隅、十面張網”的圍剿計劃來服務的。這一計劃的執行依靠的是五省總督洪承疇和五省總理王家楨的配合。
洪承疇已在圍剿農民軍的過程中頗建功勛，但王家楨被楊嗣昌認為是個庸才，不堪此任，于是楊嗣昌經密友禮部侍郎姚明恭的介紹，向崇禎帝推薦了兩廣總督熊文燦接替五省總理。
熊文燦，四川省瀘州市敘永縣人（永寧衛），萬歷三十五年進士，授黃州推官，歷禮部主事、郎中，山東左參政、山西按察使、山東右布政使，兵部侍郎、尚書等職。
崇禎元年擢右僉都御史，巡撫福建。崇禎十年四月，任兵部尚書兼右副都御史。
崇禎十一年五月，文燦仍行前策招撫張獻忠、劉國能投降，而張獻忠名義上是歸順明朝，實際是向熊文燦催索餉銀，屯兵數萬于谷城，伺機而動。
崇禎十二年五月，張獻忠再起，勢如破竹，熊文燦因此次撫局失敗而被捕入獄，次年被斬。
崇禎帝聽楊嗣昌提議熊文燦接任，對于熊文燦，他只有一個模糊的印象，于是就先派人去調查。
熊文燦不知道啊，熱情地接待了朝廷的派來的這位宦官，金銀財寶贈送，胡吃海喝十日。
宦官以前深居宮中，在摳門皇帝崇禎的約束下過得緊巴巴的，哪見過這樣的大場面，現在當然心里也很爽。
有一天在酒席之上，大家又喝高了，宦官談起中原地區的農民起義，熊文燦聽罷醉醺醺地拍案說道：“諸臣誤國耳。若文燦往，詎令鼠輩至是哉！”
宦官一聽，心想皇帝在宮中也是這樣罵那些大臣王八蛋的。
看來熊文燦跟咱是一條心的同路人，隨即也亮出身份：“我這次不是到廣西去采購的，我是陛下派來對你進行考察的。你有當世之才，朝廷沒有你沒法消滅這群泥腿子。”
熊文燦一聽就嚇尿了：我哪里是去剿匪的料啊！我只是喝高了說著玩玩的，大人千萬不要當真啊。
盡管熊文燦一再陳述自己‘五難四不可’，宦官告訴他：“我會把事情如實地向陛下匯報。如果陛下做出了決定，到時你也不要推辭了。”
熊文燦只得答應，送走了宦官的車馬，一屁股癱坐在地上......
宦官回到了宮中，向崇禎一五一十地匯報了熊文燦的情況。如此，崇禎當即就決定了熊文燦的任命。